Điệp viên nhí: Nhiệm vụ tối mật

Sau khi OSS bị phá hủy, Gregorio dựng lại Học viện điệp viên để huấn luyện cho các con và những điệp viên nhí khác nhằm chống lại những kế hoạch độc ác của Bộ Não Vàng.

Carmen và Juni phải học cách giải quyết những khó khăn hàng ngày ở Học viện điệp viên, hoặc đối mặt với nguy cơ bị đuổi học.

Khi mưu ma chước quỷ của SWAMP thất bại, Bộ Não Vàng tuyển mộ kẻ chuyên làm nhạc ma quỷ, DJ Otto Tune, để dụ các điệp viên nhí ra khỏi học viện.

Sau khi phát hiện ra hoạt động của SWAMP, hai đối thủ phải gác lại những bất đồng để đảm bảo bộ phận còn lại của Đội Đặc Nhiệm Tối Trọng không rơi vào cái bẫy đáng sợ.

Những đứa trẻ của Đội Đặc Nhiệm Tối Trọng phải chứng minh giá trị của mình khi bị nhóm đối thủ trong Học viện đe dọa giành vị trí số một.

Khi các điệp viên nhí đối đầu với Spurious Visage, các em phát hiện ra học trò cũ của hắn bắt đầu tự tung tự tác và tái xuất trong vai trò đặc vụ của SWAMP.

Bọ Cạp ngượng ngùng đe dọa rời khỏi Học viện điệp viên khi ông bố ngôi sao truyền hình của cô, Fegan Floop, quyết định gia nhập trường của họ.

Mint Condition, nghệ sĩ đường phố yêu thích của PSI, bảo vệ nhà phát minh và nhờ cậu hỗ trợ thiết kế tác phẩm nghệ thuật sắp đặt mới.

Các đội trưởng Carmen và Juni phải vượt qua bài thi giữa kỳ khó khăn mang tên Bài kiểm tra Tâm trí... hoặc một lần nữa đối mặt với việc bị đuổi khỏi Học viện điệp viên.

Khi cuối cùng cũng cảm thấy mình là một đội thực sự, Đội Đặc Nhiệm Tối Trọng đối mặt với thách thức khó khăn nhất khi lên đường triệt hạ vĩnh viễn hang ổ của Bộ Não Vàng.