Neon Genesis Evangelion

2015 yılında, bir Havari Tokyo-3'e saldırmak için geri döner. Misato Katsuragi, Shinji'yi görüşmediği babası Gendo'nun yönettiği Nerv Karargâhı'na gönderir.

Eva Ünite Bir'e bindikten sonra gözlerini hastanede açan Shinji, savaşa dair hiçbir şey hatırlamamaktadır. Shinji'ye acıyan Misato, onun yanına taşınmasına izin verir.

Okulda Shinji'nin Eva pilotu olduğu öğrenilir ve sınıf arkadaşı Toji bu yüzden ona sinir olur. Bir Havari ortaya çıkar ve Shinji'nin yeniden pilotluk yapması gerekir.

Girdiği son çatışmanın ardından gerilen Shinji evden kaçar ve Kensuke ile buluşur. Nerv onu geri getirdikten sonra, Misato ona bir seçenek sunar.

Ünite Sıfır'ın pilotu Rei Ayanami iyileşmiş gibi görünse de, ne bir arkadaşı vardır, ne geçmişini hatırlar, ne de Shinji'yi yakından tanımakla ilgilenir.

Beşinci Havari Nerv'e doğru kazı yaparken Misato, Yashima Harekâtını yönetir: Japonya'nın tüm enerjisi, Ramiel'i bir pozitron tüfeğiyle yok etmek için kullanılacaktır.

Ritsuko, Shinji'ye İkinci Çarpma'nın gizli tutulan gerçek nedenini anlatır. Ardından, Misato ile birlikte Eva'ya rakip olan bir robot için saha testine katılırlar.

Shinji ve arkadaşları, Eva Ünite İki ve pilotu Asuka ile denizde buluşan Misato'ya eşlik eder. Misato'nun eski dostu Ryoji Kaji de kendine göre planlarıyla oradadır.

Asuka ve Shinji bir başka Havari ile karşılaşır, ancak Havari onları alt eder. Artık onu tamamen yok edecek senkronize hareketleri öğrenmek için altı günleri vardır.

Nerv, bir volkanın içinde hareketsiz embriyo formunda bir Havari olduğunu öğrenir. Asuka, magma için tasarlanmış ekipmanı kullanarak Ünite İki ile onu almaya gönderilir.