A.I.C.O.

Ailesini öldüren gizemli Patlama'dan iki yıl sonra, Aiko yürümeyi neredeyse tekrar öğrenmiştir. Ancak nakille gelen bir öğrenci hayatını altüst eder.

Kanzaki, Aiko'yu Town'a götürür. Burada babasının eski iş arkadaşı Kurose ona inanılmaz bir şey söyler: Aiko'nun beyni yapay bir bedene nakledilmiştir.

CAAC, Aiko ve Yuya'yı göz altına alır. Ancak Dalgıçlar onları kurtarmanın bir yolunu bulur. Madde tekrar aktif hâle gelse de grup Ana Bölge'ye gitmeye karar verir.

Hükümet tahliye emri vermeden hemen önce, grup Kapı'dan geçmeyi başarır. İlk hedefleri, K1'deki Giyotin Kapağı'dır. Ancak Madde aktiftir.

Grup Bölge'de dinlenir ve kampta ikmal yapar. Kurose, Nanbara'yı arabasına alır, ancak Nanbara ve Isazu'nun kendi planları var gibidir.

Kaede'nin hava atması, grubun K2'ye gidişini geciktirir. Üçüncü Bölge'ye girmek için K2'ye gün batımından önce ulaşmaları gerekir. Isazu, ne yaptığını Kurose'ye söyler.

CAAC Özel Kuvvetleri, Aiko'yu tekrar yakalamak için grubun önünü keser. Kurose, Isazu'nun kızı Yuzuha'nın da Madde ile bağlantılı olduğunu fark eder.

Dalgıçlar, Aiko ve Kanzaki ile ters düşseler de göreve devam etme konusunda anlaşırlar. Isazu, laboratuvar müdürü olur ve Birinci Kopya hakkında bilgi bulur.

Ekip, Ana Bölge'deki biyoteknoloji araştırma tesisine ulaşır. Ancak Isazu, amaçları konusunda Kanzaki ile yüzleşmek için bir video yayınına girmeyi başarır.

Aiko, Habis Madde'deki diğer benliğiyle konuşma şansı yakalar. Bu sırada insan şeklindeki Madde Yura'yı sararak Yuzuha'yı açığa çıkarır.