อันเดอร์ นินจา

คุโร่ นินจาว่างงานได้รับมอบหมายภารกิจ ให้แฝงตัวเข้าไปในโรงเรียนมัธยมปลาย เป้าหมายแรกคือหาวิธีลงทะเบียนเข้าเรียนให้ได้ก่อน

ในขณะที่รอลงทะเบียนเรียนให้เสร็จสิ้น คุโร่ก็ออกตามล่าคนร้ายรายล่าสุดที่ก่อเหตุโจมตีต่อเนื่องในเมือง

คุโร่พบกับเอตะและส่งเขาไปทำภารกิจตามหาจอมเชือดแห่งเนริมะ ระหว่างทาง เอตะตกลงให้เด็กสาวคนหนึ่งยืมของเล่น และขอความช่วยเหลือจากเธอเป็นการแลกเปลี่ยน

จอมเชือดแห่งเนริมะเผชิญหน้ากับเหล่านินจา ขณะเดียวกัน นินจาระดับสูงกว่าก็เตรียมแผนการบางอย่างเอาไว้

คุโร่ได้รู้ว่าตัวเองต้องสอบเข้าโรงเรียนมัธยมปลาย แต่ชิออนก็หาทางช่วยให้เขาสอบผ่านได้แบบแน่นอน

คุโร่ช่วยเอตะต่อสู้กับพวกอันธพาล จากนั้นก็เผชิญหน้ากับผู้ดูแลในห้องหม้อไอน้ำ

เหล่านินจาเริ่มรู้สึกไม่ชอบมาพากล เมื่อสิ่งมีชีวิตลึกลับสังหารสมาชิกในร้านสะดวกซื้อ

ผู้บังคับบัญชาทดสอบความภักดีของคาโต้ คุโร่กล่าวเตือนเรื่องการโจมตีที่จะเกิดขึ้นในอนาคตอันใกล้ ส่วนโยชิดะเล่าถึงอดีตที่เขียนเป็นนักเขียน

ทีมงานห้องทดลองนินจาตรวจสอบเทคโนโลยีและอุปกรณ์ที่เหล่ายูเอ็นใช้ ต่อมา เหตุฆาตกรรมที่เกิดเพิ่มขึ้นสร้างความตื่นตระหนกทั่วโรงเรียน

เหล่านินจาปิดล้อมโรงเรียน เพื่อหาทางจัดการกับฆาตกรล่องหน โดยใช้อาวุธขั้นสูงแบบใหม่