Tales of the Teenage Mutant Ninja Turtles

หลังจากปราบซูเปอร์ฟลายได้ พวกเต่าก็กลายเป็นฮีโร่ แต่เมื่อลีโอพลัดหลงกับน้องๆ เขาจึงต้องประจัญบานกับศัตรูใหม่สุดโหดตามลำพัง

ระหว่างหลบหนีจากเมคาซอยด์ ไมกี้ขอให้ร็อดช่วยปกป้องพี่น้อง ร็อดตกลงโดยมีเงื่อนไขข้อหนึ่ง นั่นคือเขาจะต้องกลายเป็นพวกกลายพันธุ์

เมื่อต้องรับมือกับทั้งเมคาซอยด์และแก๊งมังกรม่วง ราฟาเอลจึงพยายามดิ้นรนหาทางเอาตัวรอด แต่งานนี้ต้องอาศัยมากกว่าแค่ความแข็งแกร่ง

ดอนนี่มุ่งหน้าไปยังอุโมงค์รถไฟใต้ดิน เพื่อหลบหนีจากเมคาซอยด์จอมเจ้าเล่ห์ ซึ่งคอยหาทางกำจัดเขาทุกวิถีทาง

บิชอปอุทิศชีวิตไปกับการสร้างหุ่นยนต์ แต่เมื่อพวกกลายพันธุ์ชิงเมคาซอยด์ตัวพิเศษไป เธอจึงตัดสินใจหาทางแก้แค้น

พวกเมคาซอยด์เริ่มขัดขืนคำสั่ง พวกเต่าจึงหันมาร่วมมือกับบิชอป เพื่อหยุดยั้งและกอบกู้สถานการณ์ในครั้งนี้

ระหว่างเกิดพายุใหญ่ ราฟออกไปตรวจสอบเสียงเจาะปริศนาในท่อระบายน้ำที่ถูกน้ำท่วม จากนั้นเขาต้องเผชิญกับภัยคุกคามซึ่งมีเพียงทีมเวิร์กเท่านั้นที่จะสามารถเอาชนะได้

เกิดเรื่องระหว่างช็อปของกินของใช้ เมื่อไมกี้และเจงกีสฟร็อกพบกับแก๊งมังกรม่วงและปลาไหลกลายพันธุ์สุดอันตราย

เมื่อสปลินเตอร์ไม่ยอมออกจากบ้านใต้ดินของเขาในช่วงน้ำท่วม เอพริลจึงกระโจนลงไปช่วยเหลือ แต่กลับมีบางอย่างรอคอยอยู่ในน้ำ

ดอนนี่และวิงนัตหาทางทำให้ท่อมีไฟใช้อีกครั้ง แต่กลับหลงไปเจอที่ซ่อนของสัตว์ประหลาด ต่อมาพวกอีสต์ริเวอร์ทรีวางแผนการบางอย่าง