NieR:Automata Ver1.1a

บนโลกที่ถูกทิ้งร้างและกลายเป็นสมรภูมิอันไร้จุดจบระหว่างหุ่นแอนดรอยด์ที่มนุษย์สร้างขึ้นกับจักรกลมีชีวิตจากต่างดาว หุ่นยนต์นักรบอย่างทูบีต้องรับภารกิจสุดอันตราย

แม้จะได้รับคำสั่งให้ล้างบางพวกแอนดรอยด์ แต่จู่ๆ จักรกลมีชีวิตตัวหนึ่งกลับเกิดความรู้สึกประหลาดเมื่อเห็นดอกไม้ดอกหนึ่งกลางสนามรบ

ลิลี่พาทูบีกับไนน์เอสมาที่ค่ายของกลุ่มต่อต้าน หลังจากนั้นทูบีและไนน์เอสออกติดตามสมาชิกกลุ่มต่อต้านไปยังทะเลทราย เพื่อสืบหาสาเหตุที่ฝ่ายตรงข้ามมีพฤติกรรมผิดแปลกไป

หลังได้รับคำสั่งให้ตามหาทหารยอร์ฮาที่หายตัวไป ทูบีและไนน์เอสก็ออกติดตามสัญญาณกล่องดำของทหารแอนดรอยด์จนมาถึงสวนสนุกขนาดใหญ่แห่งหนึ่ง

ลิลี่มอบหมายให้ทูบีและไนน์เอสนำเสบียงไปส่งที่หมู่บ้านของจักรกลมีชีวิตที่รักสงบ ซึ่งได้สานสัมพันธ์ทางการค้ากับกลุ่มต่อต้าน

ขณะที่ไนน์เอสวางระบบตรวจจับศัตรู ทูบีได้ฟังลิลี่เล่าย้อนถึงเหตุการณ์เมื่อครั้งที่กลุ่มต่อต้านช่วยเหลือทหารยอร์ฮาสี่นายและเรียนรู้ที่จะเชื่อใจ

ปาสคาลขอให้ทูบีกับไนน์เอสช่วยตามหาชาวบ้านคนหนึ่งที่หายตัวไปหลังเดินหลงเข้าไปในอาณาเขตป่า ซึ่งเป็นประเทศที่เหล่าจักรกลมีชีวิตมหาภัยอาศัยอยู่

ทูบีและไนน์เอสได้รับคำสั่งให้ติดตามและตรวจสอบเอทู ทหารยอร์ฮาหนีทัพสุดอันตราย ก่อนที่ทั้งคู่จะเดินทางมาถึงเมืองที่ถูกน้ำท่วม ซึ่งทูบีค้นพบบางสิ่งที่น่าอัศจรรย์ที่นั่น

หลังขาดการติดต่อกับไนน์เอสเพราะคลื่นรบกวนรุงแรง ทูบีจึงใช้พ็อดเพื่อออกตามหาเขา ก่อนจะค้นพบเมืองใหญ่ที่เลียนแบบเมืองของมนุษย์

หลังได้รับภารกิจให้กำจัดอดัม ทูบีเดินทางมาถึงโรงงานและได้พบสมาชิกที่รักสันติของลัทธิกลุ่มจักรกล ที่นำทางพาเธอไปพบกับผู้นำของตน