อีวานเกเลียน มหาสงครามวันพิพากษา

เทวทูตหวนกลับมาโจมตีโตเกียวสามอีกครั้งในปี 2015 มิซาโตะ คัตสึรางิส่งตัวชินจิไปที่กองบัญชาการเนิร์ฟซึ่งอยู่ภายใต้การดูแลของเก็นโด พ่อที่ห่างเหินของชินจิ

หลังจากได้ขับอีวาหมายเลขหนึ่ง ชินจิฟื้นขึ้นมาที่โรงพยาบาลโดยไม่เหลือความทรงจำเกี่ยวกับการต่อสู้ มิซาโตะสงสารก็เลยยอมให้ย้ายมาอยู่ด้วย

ข่าวเรื่องที่ชินจิเป็นคนขับอีวาแพร่ไปทั่วโรงเรียนจนเพื่อนร่วมชั้นอย่างโทจิโกรธเคืองเขา แล้วเทวทูตตัวหนึ่งก็โผล่มาทำให้ชินจิต้องขับอีวาสู้ศึกอีกครั้ง

ความเครียดจากการต่อสู้ครั้งก่อนถาโถมเข้าใส่จนชินจิหนีออกจากบ้านและได้พบเคนสุเกะ หลังจากที่เนิร์ฟพาตัวเขากลับมาแล้ว มิซาโตะก็เสนอทางเลือกให้

ดูเหมือนว่าอายานามิ เร คนบังคับอีวาหมายเลขศูนย์จะหายดีแล้ว ทว่าเธอคนนี้กลับไม่มีทั้งเพื่อน ข้อมูลเกี่ยวกับอดีต และกะจิตกะใจที่อยากจะทำความรู้จักชินจิเลย

เมื่อเทวทูตตัวที่ห้าเจาะระบบเนิร์ฟ มิซาโตะต้องนำทีมออกปฏิบัติการยาชิมะซึ่งต้องแปรพลังงานทั้งหมดในญี่ปุ่นไปให้ไรเฟิลโพซิตรอนเพื่อกำจัดเทวทูตรามีเอล

ริตสึโกะบอกสาเหตุที่แท้จริงในการพุ่งชนครั้งที่สองซึ่งปกปิดไว้ให้ชินจิรู้ จากนั้นเธอกับมิซาโตะก็ไปร่วมการทดสอบภาคสนามของหุ่นที่จะมาเป็นคู่แข่งของอีวา

ชินจิกับเพื่อนๆ ไปทะเลกับมิซาโตะเพื่อพบอีวาหมายเลขสองและคนบังคับชื่ออาซูกะ โดยมีคาจิ เรียวจิ เพื่อนเก่าของมิซาโตะที่มีเป้าหมายบางอย่างร่วมทางไปด้วย

อาซูกะกับชินจิต้องเผชิญหน้ากับเทวทูตอีกตัวทั้งที่เป็นฝ่ายเสียเปรียบ ทั้งคู่มีเวลาหกวันเพื่อฝึกกระบวนท่าทำลายศัตรูที่ต้องอาศัยความเป็นหนึ่งเดียวกัน

เนิร์ฟค้นพบตัวอ่อนเทวทูตที่หลับใหลอยู่ในปล่องภูเขาไฟ จึงส่งอาซูกะและหมายเลขสองไปเก็บกู้ด้วยอุปกรณ์ที่ออกแบบมาเพื่อใช้กับลาวาใต้พิภพ