เกมกลคนอัจฉริยะ

มุโต้ ยูกิ หนุ่มมัธยมและเพื่อนๆ เข้ามาพัวพันกับดูเอลมอนสเตอร์ การแข่งขันประชันไพ่ที่ชี้เป็นชี้ตาย หลังจากที่ไคบะ เซโตะ ผู้ชนะการแข่งขันลักพาตัวปู่ของยูกิไป

เปกาซัส เจ ครอว์ฟอร์ด ผู้สร้างดูเอลมอนสเตอร์ เอาชนะยูกิได้ในเกมที่ใช้เวทมนตร์จริง จึงได้ครอบครองดวงวิญญาณของปู่สุโงโรคุ

ยูกิเดินทางไปยังอาณาจักรนักประลองเพื่อช่วยปู่สุโงโรคุ ก่อนที่เพื่อนๆ จะมาสมทบ ทั้งมาซากิ อันซุ ฮิโรโตะ และโจวโนะอุจิที่อยากจะช่วยน้องสาวที่กำลังป่วย

ยูกิต้องเรียนรู้ให้เร็วเมื่อเพื่อนๆ มาถึงเกาะของเปกาซัส เพราะกฎของเกมที่เดิมพันด้วยชีวิตนั้นไม่เหมือนเกมไหนๆ ที่ยูกิเคยเล่นมาก่อน

ยูกิยังคงขับเคี่ยวกับฮางะ นักเล่นแมลง การใช้ทั้งกลโกงและกลลวงทำให้ฮางะได้เปรียบ เมื่อสามารถอัญเชิญแมลงยักษ์ได้

โจวโนะอุจิเปิดศึกแรกบนเกาะกับคุจากุ ไม ผู้เล่นมืออาชีพที่มีความสามารถอันน่าพิศวงซึ่งสามารถทำนายไพ่ที่จั่วขึ้นมา

ชาวแก๊งมาเจอปลาย่างที่ไม่มีเจ้าของและตัดสินใจกินเพื่อบรรเทาความหิว แต่มันกลับเป็นกับดักของคาจิกิ เรียวตะ ชาวประมงผู้เชี่ยวชาญการใช้ไพ่ธาตุน้ำ

หลังจากนักโทษหนุ่มสวมหน้ากากหนีออกมาจากปราสาทของเปกาซัส เขาก็ขโมยสำรับไพ่พร้อมสตาร์ชิปและท้าประลองกับยูกิ ก่อนที่จะเปิดเผยตัวตนที่แท้จริง

ยูกิมาที่สนามประลองเพื่อช่วยโมคุบะ แต่กลับได้รู้ว่า "ผี" ที่อ้างว่าเป็นวิญญาณของไคบะ คือคู่ต่อสู้ของเขาและยังพบว่าเขามีพลังแก่กล้า

ยูกิยังต้องสู้กับผีไคบะ ขณะที่ไคบะตัวจริงรู้ว่าต้องกำจัดเปกาซัส และช่วยยูกิด้วยการปล่อยไวรัสคอมพิวเตอร์เข้าแทรกแซงระบบการแข่งขัน