A.I.C.O.

Dwa lata po tajemniczym Rozroście, który zabił jej rodzinę, Aiko prawie zaczęła znów chodzić. Pojawienie się nowego ucznia wywraca jej świat do góry nogami.

Kanzaki zabiera Aiko do Town, gdzie dawny kolega jej ojca, Kurose, opowiada niewiarygodną historię. Okazuje się, że jej mózg został przeszczepiony do sztucznego ciała.

Agencja Kontroli zatrzymuje Aiko i Yuyę, ale nurkowie ich odbijają. Materia znów jest aktywna, ale grupa mimo to planuje się przedostać do Punktu Początkowego.

Grupa oczyszcza okolicę Rozrywacza, akurat kiedy rząd rozkazuje ewakuację. Pierwszym celem jest Gilotyna w K1, ale na przeszkodzie stoi aktywna Materia.

Wewnątrz Strefy grupa odpoczywa i uzupełnia zapasy w obozie. Nanbara zostaje podwieziona przez Kurosego, ale wygląda na to, że ona i Isazu mają własne plany.

Popisy Kaede opóźniają podróż grupy do K2, gdzie muszą dotrzeć przed świtem, aby wejść do Strefy Trzeciej. Isazu mówi Kurosemu, co zrobił.

Siły specjalne Agencji Kontroli zatrzymują grupę i usiłują pojmać Aiko. Kurose odkrywa, że Yuzuha, córka Isazu, jest połączona z Materią.

Dochodzi do konfrontacji między nurkami a Aiko i Kanzakim, ale misja jest kontynuowana. Isazu zostaje dyrektorem laboratorium i dowiaduje się o numerze jeden.

Zespół dociera do Ośrodka Naukowego Kiryu Biotech w Punkcie Początkowym. Isazu udaje się z nim połączyć i ujawnić prawdziwe zamiary Kanzakiego.

Aiko ma szansę na rozmowę ze swoim ciałem znajdującym się wewnątrz Złośliwej Materii. Tymczasem ludzka forma Materii pochłania Yurę, ukazując Yuzuhę.