Neon Genesis Evangelion

I 2015 kommer en Engel tilbake for å angripe Tokyo-3. Misato Katsuragi kjører Shinji til Nerv-basen, som styres av Gendo, faren til Shinji.

Etter å ha styrt Eva Enhet En, våkner Shinji på sykehuset uten minner om kampen. Misato synes synd på ham og lar han flytte inn til seg.

På skolen går det rykter om at Shinji er Eva-piloten, noe klassekameraten Toji misliker ham for. En Engel dukker opp, og Shinji må innta cockpiten nok en gang.

Shinji er stresset etter den forrige kampen, rømmer hjemmefra og treffer Kensuke. Nerv sporer ham opp, og Misato gir ham et valg.

Piloten til Enhet Null, Rei Ayanami, ser ut til å ha kommet seg, men hun har ingen venner, ingen opplysninger om fortiden og ingen interesse av å bli kjent med Shinji.

Den femte Engelen borer seg nærmere Nerv, og Misato leder Operasjon Yashima, som går ut på å styre all kraft i Japan til å felle Remiel med et positron-gevær.

Ritsuko forteller Shinji den hemmelighetsstemplede sanne årsaken til Det andre sammenstøtet. Hun og Misato deltar i en test av en konkurrerende Eva-enhet.

Shinji og vennene hans blir med Misato for å møte Eva Enhet To og piloten Asuka til sjøs. Misatos gamle venn Ryoji Kaji er om bord og har sine egne motiver.

Asuka og Shinji står overfor enda en Engel, men den får overtaket. De har bare seks dager på å lære synkroniserte angrep for å utslette den.

Nerv får vite at en Engel slumrer i embryoform i en vulkan. Med utstyr som tåler magma, blir Asuka sendt ut i Enhet To for å hente den.