尼爾: 自動人形 Ver1.1a

在荒廢的地球上，人類發明的人造人與外星人製造的機械生物不停交火，而一個名叫 2B 的人造人士兵來此執行危險任務。

這個機械生物的使命是破壞人造人，但當他在戰場上看到一朵小花後，心中卻突然湧現奇怪的感覺。

莉莉帶 2B 和 9S 到抵抗軍的軍營，後來 2B 和 9S 陪一位抵抗軍成員到沙漠調查敵軍的異常行為。

2B 和 9S 奉命尋找失蹤的寄葉部隊士兵，循著人造人的黑盒子訊號來到一個大型遊樂園。

莉莉委託 2B 和 9S 運送物資到某個平靜的村落，這裡的機械生物和抵抗軍有交易往來。

9S 設定敵軍偵測系統時，莉莉告訴 2B 某次抵抗軍救了四名寄葉部隊士兵，並學會相信他們。

帕斯卡拜託 2B 和 9S 去森林王國營救走失的村民，但那裡正是危險機械生物的大本營。

2B 和 9S 奉命追查寄葉部隊的危險逃兵 A2，並來到一座淹水的城市，2B 在此有不錯的發現。

強烈干擾波導致 9S 斷訊，2B 帶了幾個輔助機出發尋找他的下落，但竟發現一個巨大的模擬人類城市。

奉命消滅亞當的 2B 來到一座工廠，這裡幾個友好的機械生物邪教成員帶她去找領袖。