Neon Genesis Evangelion

En 2015, Neo Tokyo-3 est attaquée par un Ange. Misato Katsuragi conduit Shinji à la base secrète de la NERV, qui est dirigée par le père qui l'a abandonné, Gendô.

Après avoir piloté l'Evangelion Unité 01, Shinji se réveille sur un lit d'hôpital, sans souvenir du combat. Misato prend pitié de lui et l'invite à emménager chez elle.

Quand le bruit se répand à l'école que Shinji est le pilote de l'Eva-01, son camarade Toji semble lui en vouloir. Shinji doit piloter à nouveau lorsqu'un Ange apparaît.

Encore ébranlé par son dernier combat, Shinji s'enfuit de chez lui et rencontre Kensuke. De retour à la NERV, Misato lui fait une proposition.

Rei Ayanami, la pilote de l'Eva-00, est remise de ses blessures, mais elle n'a aucun ami ni aucune trace de son passé, et se désintéresse complètement de Shinji.

Alors que l'Ange Ramiel fonce sur la NERV, Misato commande l'opération Yashima : toute l'énergie électrique du Japon est mobilisée pour utiliser un canon à positrons.

Après avoir révélé la véritable cause du Second Impact à Shinji, Ritsuko se rend avec Misato à la démonstration d'une arme développée par un concurrent de la NERV.

Shinji et ses amis accompagnent Misato pour rencontrer Asuka, la jeune fille qui pilote l'Eva-02. Ryoji Kaji, un vieil ami de Misato, fait partie du voyage.

Asuka et Shinji affrontent un nouvel Ange, sans succès. Ils ont six jours pour apprendre à synchroniser leurs mouvements s'ils veulent être en mesure de le détruire.

La NERV apprend qu'un Ange repose dans un volcan sous sa forme embryonnaire. Asuka est envoyée en mission pour le récupérer vivant avec l'Eva-02 et un équipement spécial.