하늘을 건너는 교실

불량 청소년이었던 타케토. 늦깎이로 스무 살에 야간 고등학교에 다니지만, 이마저 자퇴를 고민한다. 그러던 중, 새로 부임한 과학 교사가 타케토의 마음속 호기심을 알아보고 실험에 초대한다.

마흔 살이 넘어 야간 고등학교를 다니는 안젤라. 학업을 포기할까 고민하던 차에, 과학부에 들어오라는 후지타케의 권유를 받고, 성실하게 실험하는 타케토의 모습을 보며 놀란다.

학교에 와도 양호실을 떠나기 힘든 카스미. 후지타케는 카스미가 SF 소설을 좋아한다는 것을 눈치채고, 이를 이용해 그녀를 다시 교실로 불러들이려 한다.

과학부가 실험 장치 제작에 어려움을 겪자, 후지타케는 70대 학생인 쇼조의 힘을 빌리려 한다. 하지만 쇼조가 어린 학생들과 충돌하면서 뜻대로 진행되지 않는다.

정식 동아리로 인정받은 과학부가 연구 발표 학회에 견학을 간다. 그리고 발표의 수준이 높다는 것을 깨달은 부원들은 참여를 주저한다.

화성 분화구 재현 실험을 위해 다른 동아리의 방을 빌려야 하는 과학부. 하지만 쉽게 허락을 받지는 못하는데. 그러던 중, 상대 동아리 부장과 의외의 인연이 생긴 타케토가 나선다.

일본 우주항공 연구개발 기구에서 새 프로젝트가 발표되고, 후지타케의 대학 동기가 리더를 맡는다. 한편, 부족한 예산 속에서 손수 만든 장치로 실험하는 과학부. 함께 고민하며 유대감을 쌓아간다.

학회 참가 마감이 다가오면서 실험에 몰두하는 타케토. 점점 주위를 보지 못하게 되고, 그러던 중, 큰 위기가 찾아온다.

누군가가 실험 장치를 망가뜨리자. 화가 난 타케토가 다른 부원들과 크게 다툰다. 결국 과학부는 공중분해되고, 타케토는 학교에 나오지 않는다.

과학부가 다시 뭉치고, 타케토와 카스미가 학회 발표를 준비한다. 한편, 후지타케는 은사로부터 뜻밖의 제안을 받고 고민한다.