언더닌자

할 일 없이 빈둥대던 백수 닌자 쿠로에게 지역 고등학교 잠입 임무가 떨어진다. 첫 번째 목표는? 입학할 방법부터 찾는 것.

입학 절차가 마무리되기를 기다리는 쿠로. 그사이, 최근 마을에서 연쇄적으로 벌어지고 있는 폭행 사건의 범인을 쫓는다.

쿠로는 에이타를 만나 네리마 성기 절단범을 찾는 임무를 맡긴다. 에이타는 한 소녀에게 장난감을 빌려주는 대신 도움을 받기로 한다.

네리마 성기 절단범은 다수의 닌자와 맞붙고, 상부에서는 그를 이용한 계획을 준비한다.

쿠로는 고등학교 전입 시험을 치러야 한다는 사실을 알게 된다. 하지만 시온이 그를 무조건 합격시킬 방법을 마련한다.

쿠로는 에이타가 불량배들에게서 벗어날 수 있도록 돕고, 이후 보일러실에서 학교 관리인과 대치한다.

편의점에서 닌자 한 명이 정체불명의 인물에게 살해되자, 닌자 조직 내에 의심이 번지기 시작한다.

상부는 카토의 충성심을 시험하고, 쿠로는 곧 공격이 있을 거라고 경고한다. 요시다는 작가로 활동하던 과거의 이야기를 들려준다.

닌자 연구소에서 언더닌자들이 사용하는 장비와 기술을 조사한다. 학교에서는 살인 사건이 잇따르며 공포 분위기가 조성된다.

학교를 봉쇄한 닌자들. 보이지 않는 살인마와 맞서며, 새로운 첨단 무기를 투입한다.