도쿄 엠이알: 달리는 응급실

응급 상황에 신속 대응하기 위해 창설된 의료 팀의 리더를 맡은 키타미 코타. 팀의 출범식이 진행되는 그때, 다른 곳에서 버스 사고가 발생한다.

히나는 자신의 실수로 사고 피해자가 목숨을 잃을 뻔하자 자신감을 잃는다. 한편, 축제 현장에서 폭발 사고가 일어나 MER 팀이 출동한다.

권총을 소지한 범죄자가 아픈 어린 소녀를 인질로 잡는다. 아이의 상태가 악화할 것을 우려한 나츠메는 자신이 대신 인질이 되겠다고 한다.

터널이 무너지는 사고가 발생하면서 이식수술을 위해 심장을 운반하던 의사가 잔해에 깔려 발이 묶인다. 이에 위험을 무릅쓰고 키타미가 터널 안으로 들어간다.

임산부, 정치인과 함께 엘리베이터에 갇힌 오토와. 돌연 최악의 상황이 벌어지고, 이제 오토와는 누구를 먼저 구해야 할지 결정해야 한다.

열여덟 명이나 되는 초등학생이 산속에서 행방불명되는 사건이 발생한다. 키타미는 MER 멤버들에게 세 팀으로 나누어 수색하라고 지시한다.

외국인 노동자들이 단체로 식중독과 유사한 증상을 보인다는 보고를 받고 출동한 MER 팀. 그런데 어째서인지 현장에는 이미 상당한 수의 경찰이 배치되어 있다.

산간 지역에 있는 병원에서 정전이 일어나고, MER 팀이 환자들을 도우러 출발한다. 그런데 이동 중, 키타미의 1년 공백기를 들먹이며 오토와가 키타미를 공격한다.

외국 대사관에서 발생한 이산화탄소 분출 사고. MER 팀이 출동하려는 순간 아카츠카가 쓰러지고, 총책임자를 잃은 MER 팀은 법적인 문제에 가로막힌다.

키타미의 과거가 세상에 알려지면서, 키타미에게 MER 활동을 중지하라는 지시가 내려온다. 폭탄 위협에 대응하던 키타미와 오토와는 배후에 츠바키가 있음을 알게 된다.