오랫동안 당신을 기다렸습니다

국회의원의 아들 배민규의 아내가 살해된다. 난항을 거듭하는 수사에 투입된 검사 고영주. 하지만 용의자인 민규의 알리바이를 뒤집기가 쉽지 않은데. 게다가 수사의 방향을 바꿀 또 다른 사건이 일어난다.

우진에서 서울로 이송된 사건을 따라, 오진성도 서울로 향한다. 우진과 민규를 연결하는 단서를 잡은 진성. 하지만 이번에도 민규에겐 알리바이가 있다. 한편, 차영운은 뜻밖의 인물에게 혐의를 두는데.

진우가 찍은 사진의 의미는 무엇일까. 사면초가에 빠진 수사팀. 하지만 범인의 실체가 드러나면서 연쇄살인 수사는 찜찜한 상태로 마무리된다. 그런데 폭우가 쏟아지는 어느 날, 누군가 진우를 공격한다.

진우는 정숙의 도움으로 진진메디컬에서 응급 수술을 받는다. 그리고 1년이 지난다. 베일에 싸인 인물로부터 동영상을 전달받은 진성. 그건 진우가 사고를 당한 당시, 현장을 녹화한 영상이다.

너무 늦었을지 모른다. 그래도 포기할 수는 없다. 진우가 당한 사고의 진실을 알아내려는 진성. 그 과정에서 다시 민규의 이름이 떠오르는데. 한편, 영주도 과거의 살인 사건과 관련된 동영상을 받는다.

누군가 민규에게 내부 정보를 흘리고 있다. 그를 보호하고 있다. 진성의 폭행 사건이 불거지면서 결국 해체되는 수사팀. 수사를 접고 징계까지 받은 영운은 동료들과 함께 은밀히 진범을 추적하려 한다.

연쇄살인과 관련된 증거들이 발견된다. 드디어 진상이 드러나는 걸까. 하지만 수사팀이 지켜보던 용의자가 사라진다. 필사적으로 용의자를 추적하는 수사팀. 다른 누군가도 은밀히 그를 쫓기 시작한다.

또 다른 납치 사건이 벌어진다. 절대 잃어선 안 되는 사람을 놓쳤다. 사면초가에 처한 기영과 민규는 해외 도주를 계획하는데. 진성과 영운은 수사를 계속하면서 그들을 막으려 하지만 난관에 부닥친다.

사라진 기영이 갑자기 사망한다. 이렇게 죽을 리가 없는데. 믿지 못할 상황에 충격을 받은 진성. 민규와 관련된 진실은 드러났지만 연쇄살인의 완전한 실체는 파악하지 못한 채, 사건은 마무리되는 걸까.

이렇게 끝낼 수는 없다. 진성은 동료 형사들과 함께 진우의 죽음을 파헤치려 한다. 기영을 둘러싼 진실도 조사한다. 그렇게 기영의 불운한 가족사와 영운의 집안에 얽힌 과거사가 수면 위로 떠오르는데.