미씽: 그들이 있었다

두온마을에서 여러 일을 겪고 다시 일상으로 돌아온 욱과 판석. 곧 미스터리한 신규 사건을 조사하게 된다.

3공단에 간 욱과 판석이 귀신을 만나고, 죽은 사람의 자취를 찾기 위해 종아와 준호가 이 둘과 협력한다.

이동민을 면회하러 온 욱이 뜻밖의 인물과 마주친다. 준호는 계속 문세영을 찾고, 3공단에는 어떤 학생이 나타난다.

욱은 상상도 못 했던 소식을 듣고 당황한다. 판석은 3공단에서 더 많은 정보를 얻는다. 한편, 걸려온 전화 한 통에 수사가 개시된다.

오일영을 의심하기 시작하는 욱. 얼마 후, 세영의 실종을 조사하던 중 난관을 만난다. 그런 가운데 시간이 점점 촉박해지고.

수색이 성공으로 끝나고 욱은 안도한다. 세영의 사건을 조사하는 과정에서 새로운 정보가 나온다.

일용이 욱에게 충격적인 고백을 한다. 마침내 경찰이 골리앗의 정체를 알아내고, 판석은 뜻밖의 장소에서 단서를 얻는다.

3공단 운동회가 끝나갈 무렵, 소란이 일어난다. 한 아이가 실종된 후 강은실 선장은 누군가에게 어떤 부탁을 한다.

3공단 마을 사람들은 일용에 관한 진실을 알게 된다. 한 통의 편지로 새로운 정보가 밝혀지자 준호가 행동에 나선다.

누군가를 붙잡을 기회를 놓친 욱과 일용. 판석과 종아는 여러 실종 사건과 관련된 정황에 대해 더 많은 것을 알아가기 시작한다.