신세기 에반게리온

2015년, 사도의 습격을 받은 제3 신도쿄시. 아버지를 만나러 온 이카리 신지는 카츠라기 미사토에 의해 위기를 모면하고 네르프에 도착한다. 소년의 운명은 어디로 흐르는가.

에바 초호기에 탑승했던 신지는 전투에 대한 기억 없이 병원에서 의식을 찾는다. 네르프의 일원이 된 이카리 신지. 미사토는 신지와 함께 생활하기로 하고, 환영 파티를 한다.

고슴도치의 딜레마일까? 친구들에게 다가갈 수 없는 신지. 설상가상 신지가 에바 파일럿임을 알게 된 토우지는 화풀이를 한다. 사도와의 전투엔 예상 밖의 복병이 나타나고.

지난 전투 이후 힘들어하던 신지가 급기야 가출을 감행한다. 그러나 일탈도 잠시, 네르프에 의해 연행되고. 여전히 에바의 탑승을 괴로워하는 신지에게 미사토는 선택권을 준다.

'퍼스트 칠드런' 아야나미 레이. 에바 0호기의 파일럿이지만 과거 기록도 친구도 없다. 그런 레이가 궁금했던 신지는 우연히 그녀의 집에 갔다가 못 볼 광경을 보고 만다.

네르프 본부를 향해 구멍을 뚫는 제5 사도. 도달까지 남은 시간은 10시간 남짓. 자, 야시마 작전 개시다. 일본 전체 에너지를 끌어모은 포지트론 라이플로 사도를 섬멸하라.

세컨드 임팩트의 진실에 대해 듣게 된 신지. 한편 리츠코와 미사토는 에바의 단점을 보완한 JA 로봇 시연회장에 참석한다. 그러나 로봇이 폭주하자 미사토는 결단을 내린다.

에바 2호기를 수송하던 UN 함대가 사도의 공격을 받는다. 이번엔 수중전. 아스카와 신지는 2호기에 탑승해 사투를 벌인다. 그러나 배에는 에바 2호기만 있던 게 아니었으니.

요격 시스템의 복구율이 부진한 가운데 또다시 사도가 습격해 온다. 초호기와 2호기의 동시 출격. 그러나 작전은 실패하고, 파일럿들의 합을 맞추기 위해 합숙을 시작한다.

화산에서 태아 상태의 사도 발견. 곧 2호기가 투입되지만 포획에 실패하고, 작전은 섬멸로 변경된다. 자칫 또 다른 세컨드 임팩트를 야기할 절체절명의 위기. 에바의 운명은?