쿠로무쿠로

타테야마 고등학교 2학년인 유키나는 쿠로베 연구소를 방문한다. 연구소가 갑작스러운 공격을 받자 도망치던 유키나는 의문의 큐브를 건드린다.

큐브에서 나타난 오마 켄노스케 토키사다는 유키나를 구하려다가 맞아서 의식을 잃는다. 한편 도야마 만에서는 새로운 대형 지오프레임이 등장한다.

켄노스케는 유키나와 함께 승리를 거두나 상대는 빠져나간다. 그는 한 번 더 잡히지만 탈주하여 코하루를 만난다.

수면 기간을 파악한 켄노스케는 유키나의 삼촌으로부터 가족과 함께 살자는 제안을 받는다. 그에게 현대 세상은 여전히 당황스럽기만 하다.

여러 사건이 있던 이후로 다시 학교로 돌아간 유키나. 평온한 삶을 바라는 유키나의 반에 전학생이 오고, 유키나는 전학생의 얼굴을 보고 깜짝 놀란다.

켄과 유키나는 옐로우크랩 메카와의 싸움을 재개한다. 반 친구들인 아카기와 카야하라는 당국의 지시를 어기고 전장에 가까이 다가간다.

옐로우크랩의 조종사가 목숨을 버린 후 유키나는 싸움에 대한 의지를 잃는다. 학교에서 유키나는 아카기와 카야하라가 여전히 실종 상태라는 이야기를 듣는다.

침략자들의 요구로 인해 마찰이 일자, 유키나는 싸움을 피하기 위해 집을 떠난다. 켄노스케는 유키나를 찾으러 가지만 그녀에 대해 아는 바가 없음을 깨닫는다.

적군의 거대한 지오프레임이 나타나지만, 유키나가 없는 상황에서 연구소는 지오프레임을 막을 힘이 없다. 켄과 아카기, 카야하라는 수색을 계속한다.

생포된 조종사는 연구소로 끌려와 심문을 받는다. 조종사는 어떤 물체를 찾으러 왔다고 답하고, 켄은 조종사가 누구인지 알아보는 듯하다.