B: 더 비기닝

숲에서 범죄자들의 시신이 발견된다. 범인으로 추정되는 이는 ‘킬러 B’. 10년간 일선을 떠나 있던 키스가 수사에 합류하고, 정체 모를 집단은 도시를 난장판으로 만든다.

킬러 B의 흔적이 남은 살인 사건 현장. 하지만 키스는 그 표식이 진짜인지 의혹을 품는다. 현장의 단서를 따라, 왕립 수사대는 고위층 인사들이 모이는 연회장에 잠복한다.

테러를 막기 위해 해커와 대결하는 카엘라. 그러던 중에 이상한 점을 발견한다. 키스는 최근 일어난 사건들 사이에 관련이 있다는 사실을 직감하고 따로 추적을 시작한다.

왕립 도서관으로 향하는 키스와 코쿠. 그들에겐 풀어야 할 의문이 있다. 킬러 B 사건에서 무언가를 감지한 릴리는 키스에게 조언을 구하지만, 일은 엉뚱하게 풀려간다.

왕립 수사대 대원이 습격당한다. 흩어진 흔적과 단서의 의미. 어쩌면 수사대 내부에 배신자가 있을지도 모른다. 코쿠는 조금씩 카노푸스의 정체에 다가간다.

살인 사건 용의자로 수배를 받은 키스. 하지만 키스 곁에는 그의 결백을 믿는 사람들이 있다. 사원에서 코쿠를 만난 키스는 그에게 오래된 과거와 비밀에 관해 들려준다.

함정에 빠져 중상을 입은 코쿠. 키스는 미나츠키 일당과 싸우면서 코쿠를 보호하려 한다. 누군가 남긴 당부를 지키기 위해. 한편, 왕립 수사대는 최후의 통첩을 받는다.

키스에게 자수를 권하는 에릭. 하지만 릴리는 어떻게 해서든 키스를 찾아내려 한다. 은신한 키스는 그간 일어난 사건의 배후에 마켓 메이커가 있다는 사실을 직감한다.

왕립 수사대로 돌아온 키스, 시간이 얼마 남지 않았다. 마켓 메이커의 실체를 밝히기 위해 총력을 다하는 키스와 동료들. 릴리를 미끼로 쓰는 수밖에 없다.

거대한 비행선 모비 딕, 그곳에 마켓 메이커의 본부가 있다. 유나를 되찾기 위해 모비 딕을 뒤쫓는 코쿠. 키스와 왕립 수사대 동료들은 사라진 길버트와 릴리를 추적한다.