名探偵コナン 特別セレクション：大阪府警・京都府警

名家で、次女の夫が転落死を遂げた。その直前、包丁を口にくわえた長男の姿が目撃されている。コナンは、服部平次と二人で事件の真相を探り始める。

秀臣の遺書には、不審な点があった。コナンたちは秀臣の部屋で事件前日に録音された留守番電話のメッセージを聞き、推理を裏付ける遺留品を発見する。

服部平次の招待で、コナンと蘭、小五郎は大阪見物を楽しんでいた。だが乗っていたパトカーに死体が落ちてきて、連続殺人事件に巻き込まれてしまう。

平次と和葉が訪れた浪花中央体育館で起こった殺人事件は、平次の活躍でその日のうちに解決。平次の自宅でてっちりを堪能したコナンたちだが、翌日、大阪城でまたも巧妙な殺人計画に遭遇する。

少年探偵団と小五郎、蘭、園子は京都を訪れる。そんな中、梅はらの銘菓"京のとり"のチョコ味200個が、5店舗の土産物屋からすべて消えてしまう。この日は、梅はらの先代社長の命日だった。

新社屋完成記念映画の制作発表会に招待され、大阪の日売テレビを訪れたコナンたち。その最中、プロデューサーの米倉が倉庫で巨大な怪獣フィギュアの下敷きになり絶命するという事故が発生する。

米倉の車を奪って逃走を図った高内と三原だが、その直後に車が爆発。脚本家の恩田が車ごと崖から転落死した事故を捜査していた綾小路警部は、過去に恩田と米倉に接点があったことを突き止める。

米倉の命を狙い、恩田と末村を殺した容疑者として石澤が浮上する。石澤の自宅に踏み込んだ大滝警部たちは、手を縛られ、後頭部から出血した石澤を発見。しかも自宅から爆弾は見つからず...。

5人目の強盗犯がいたことが判明。コナンと平次は、米倉がもう1人を殺害するため、どこかに爆弾を仕掛けていると確信する。大滝たちが5人目の特定を急ぐなか、コナンと平次は石澤に会いに行く。

小五郎と平次をモデルにした舞台が企画され、小五郎たちは打ち合わせのため京都にある演出家の自宅へ。一方、スポンサーの厚意でスイーツ巡りをしていた蘭と和葉は、これがワナだと気付く。