名探偵コナン 特別セレクション：静岡県警

天下一夜祭の日、ホテルで人気作家が殺される。疑いをかけられた友人の笹井はアリバイを主張するが、犯行を確信するコナンはトリックを解く糸口を探す。

コナンたちは、阿笠博士の代わりにミステリーツアーに参加。ツアーの中に紛れ込んでいる主催者を見つけ出すと、極秘のプログラムがもらえるという。

ツアーに参加した7人は、ナイトバロンという幻のコンピューターウイルスを目当てに参加したことが判明。そんな中、プログラマーの江原が転落死する。

死んだ江原の部屋の防犯ロックを外からかける方法を、横溝刑事と小五郎に教えるコナン。小五郎たちは、改めてツアーのメンバーのアリバイを確認する。

園子の姉の婚約者・富沢雄三の父が殺され、停電中の暗闇でコナンたちは殺害の場面を目撃。コナンたちが見た犯人の顔は、紛れもなく雄三のものだった。

小五郎に中学の同級生を捜してほしいと依頼が入る。小五郎は手掛かりからすぐに尋ね人である柴田四朗の居所を突き止め、静岡にあるマンションを訪ねるが、そこには柴田の遺体が横たわっていた。

柴田は依頼人・静華の写真を握りしめて絶命していた。静華は疑われるも堂々とした態度で事情聴取を拒否。コナンは四朗の手に写真以外の何かが握られていた痕跡を発見し、真犯人を追い詰めていく。

伊豆に遊びにきた阿笠博士とコナンたちは、漁師の吉澤と下条と知り合う。二人は手荒な漁をする荒巻と話し合うためホテルのレストランで待ち合わせるが、約束の時間になっても荒巻は現れず...。

園子のトンチンカンな推理をヒントに、コナンは荒巻を殺した犯人とトリックを突き止める。そして、荒巻の携帯に残された着信履歴と犯人の発した一言から、犯人を追い詰めていく。

小五郎は国友家の執事・赤塚の依頼で、コナン、蘭と国友邸へ。謎のカードが届いた後に何度か奇妙なことがあり、どれも4日に起きているという。コナンらは、4日がすべて仏滅だったことに気付く。