名探偵コナン 特別セレクション：群馬県警

小五郎のもとに、変死した夫の死の真相を調査してほしいという依頼が。事件は無事解決するが、蘭はコナンの様子から、その正体が新一だと確信する。

5年前に一人の男から預かったアタッシュケースの謎を解いてほしいという依頼を受け、群馬の旅館を訪れる小五郎、蘭、コナン。だが旅館に到着すると、すでに"毛利小五郎"は部屋にいると言われ...。

アタッシュケースの中に入っていたのは、5年前のスポーツ新聞と長い毛髪。これが殺人事件だと断定したコナンは、4年前に死亡した赤いジャケットの男の持ち物から犯人を追い詰めていく。

コナン、蘭、小五郎、園子は軽井沢へ遊びにいくが、川に車を流されてしまう。山奥の一軒家にたどり着いた一同は、昼に会った明石寛人と再会。その夜、寛人の義理の父・巌夫の遺体が発見される。

山村刑事の捜査と小五郎の推理の結果、巌夫は自殺と推定されるが、コナンは寛人に疑いを抱いていた。ついにトリックを見破り推理ショーを始めようとするコナンだが、思わぬ事態が発生する。

園子の別荘へ向かう途中、トラブルに見舞われたコナン、蘭、園子、本堂瑛祐は、近くの別荘で休ませてもらうことに。4人で裏庭を探索中、瑛祐が"開かずの窓"から誰かがのぞいていることに気付く。

バンド"ドルクス"のメンバー・倫子が亡くなり、山村刑事は自殺に見せかけた密室殺人として捜査を開始。一方、コナンは裏庭や巣箱を調べ、倫子を殺害した犯人を突き止める。

哀と阿笠博士は、黒の組織の一員・水無怜奈が関わる一連の事件についてコナンに質問。コナンは怜奈の交通事故を目撃した透司との再会が偶然ではなく、瑛祐の仕業だったと告げる。

事件と事故、両方の可能性を探りながら捜査を進める山村刑事は、ロッジの前にある雪だるまに気付く。板橋は崖の近くで雪だるまを作っていたが、朔子の悲鳴は聞いていないという。

小五郎は11年前にかけられた殺人の疑いを晴らしてほしいという手紙をもらい、コナンと蘭と共に群馬県へ。11年前に殺人事件はなかったが、一人の子供が川で溺死した事故があったことが判明する。