名探偵コナン 特別セレクション：交通課

コナンたちは、新幹線の中で麻薬密売人・小倉を護送中の佐藤と高木に遭遇。高木はトイレに行きたいと言う小倉に付き添うが、うめき声を聞いてドアを開けると、そこには自殺を図る小倉の姿が。

佐藤は小倉が死亡したのは殺人事件だと断定。爆弾騒ぎの隙に小倉をトイレに行かせ、自殺の偽装をさせることができた乗客は3人。コナンは、3人が持っていたという新聞に着目する。

喫茶店・ポアロにやってきたコナンと小五郎は、ウエイトレスの梓から客が忘れていった携帯電話の持ち主捜しを頼まれる。だが、持ち主はすでに交通事故で死んでいたことが判明する。

数字の暗号を解読したコナンは、持ち主の男はわざと携帯を忘れ、電話をかけてきた人物に渡そうとしていたのではと推理。さらに、男がポアロをどこか別の場所と間違えてしまっていたとにらむ。

視聴覚室で帝丹小の卒業生でもある千葉に遭遇したコナンら少年探偵団。13年前、千葉は女の子にラブレターを渡し、返事の手紙には自分の気持ちを視聴覚室の倉庫に保管したと書かれていたという。

車上荒らしに遭った車を発見したコナン。車内の天井には赤いスプレーで"死ね"と書かれていて、なんとそれは千葉の車だった。同じ手口の事件は3件起きており、容疑者は駐車場にいた3人に絞られる。

コナンは車上荒らしの被害者の車の写真を確認。さらに、由美からある交通事故の詳細を聞き、狙われた車の共通点に気付く。犯人が誰かを見破ったコナンは、トラップを仕掛けることに。

家政婦の桜子からの連絡で、桜子の友人である交通課の苗子、由美、少年探偵団は伊丹永信の自宅マンションに駆けつける。寝室では永信の妻・知代子が首をつっており、由美は自殺と考えるが...。

遺書を書いたのは間違いなく知代子本人だったと鑑定され、目暮警部は知代子が自殺だと判断。コナンは遺書の謎に気付いているであろう秀吉を促し、目暮警部らの目を再び遺書に向けさせる。

勝又力との名人戦を前に、封筒を受け取る秀吉。手紙は由美を誘拐したという内容だった。"第一局"の暗号文を解読した秀吉が明治神宮へ向かうと、そこで偶然コナンら少年探偵団と阿笠博士に会う。