名探偵コナン 特別セレクション：警視庁捜査一課

コナンと一緒に蘭と園子の買い物を待っていた小五郎は、目暮警部たちに連続婦女殴打事件の犯人に間違われる。そんな中、蘭がデパートの地下駐車場で若い女性の遺体を発見する。

コナンは遺体から脱げた靴を見て、犯人が車を運転する厚底ブーツの女性を狙ったことを見抜く。コナンが犯人の目星をつけた頃、厚底ブーツを履きデパートの中にいた園子に犯人が忍び寄っていた。

映画館で少年探偵団と遭遇した白鳥。手違いでコナンたちと同じ特撮映画を見ることになった白鳥は、隣の席の笠倉那海と知り合う。上映後、白鳥が刑事だと知った那海はストーカー被害を告白する。

白鳥は、映画館で自分が捨てたと思われるカップの指紋と中身の成分を調べるよう高木に頼む。もう一つ指示を出すか迷うが、コナンから捜査に私情は禁物だと言われ、高木にあることを調べさせる。

ウライ製菓のパーティーに出席した小五郎は、指名を受け壇上でスピーチを行うことに。その最中、社長の浦井垂人が倒れてしまう。出し物が好きな垂人の寸劇かと思われたが、垂人は絶命していた。

垂人を毒殺した犯人が妻の星江だと確信するコナンは、星江が蘭の手相を見ていたときに発した言葉に引っ掛かりを覚えていた。そんなとき、コナンは千葉と佐藤の会話からヒントを得る。

3ヵ月前に起きた不思議な事件を捜査する千葉刑事。杯戸高校の敷地内で、雑誌編集者の中津が顔をコンクリにめり込ませて窒息死。遺体と一緒に倒れていたUFOマニアの朽木に容疑がかけられる。

容疑を否認し、UFOから降りて来た宇宙人が中津を殺したと話す朽木。コナンは千葉刑事とともに朽木の家を訪ねることに。そこであるモノを見つけたコナンは朽木の不可解な行動の理由に気付く。

少年探偵団と阿笠博士がファミレスで人気バンドの話をしていると、そのバンドのファンだという女性たちに声をかけられる。その後、歩美、元太、光彦は、店内で3人の顔見知りに遭遇するが...。

小林先生の提案で、由美と苗子は駐車場で待機しているコナンに助言を求める。コナンは店内の防犯カメラの映像や、3人の容疑者が撮った女子会の写真を見てあることに気付く。