名探偵コナン 特別セレクション：ジン・ウォッカ

有名な高校生探偵の工藤新一は、幼なじみの毛利蘭と一緒に訪れた遊園地で殺人事件に遭遇。さらにその後、黒服の男たちの犯罪現場を目撃する。

ゲームソフトの発表パーティーで、コナンは黒ずくめの男たちの仲間らしい大男を見かける。コナンは尾行を始めるが、大男はトイレで爆死してしまう。

現金輸送車強盗の現場に出くわしたコナンは、犯人を追跡するが見失う。単なる強盗事件として捜査が開始されたが、コナンはもっと裏があると見抜く。

哀がジンの愛車を発見し、一緒にいたコナンは車に発信器と盗聴器を仕掛ける。組織の暗殺計画を知ったコナンは計画を阻止するため、暗殺が予定されているホテルに一人で乗り込むことに。

ホテルに駆けつけたコナンと哀の目の前で呑口(のみぐち)議員が殺されてしまった。犯人のピスコは議員の周辺にいた7人の中にいる。そんな中、混乱した人込みの中で哀が何者かにさらわれてしまう。

ジンとウォッカが酒蔵に入ってくるが、二人はピスコを見つけられずに立ち去る。一時的に大人の体に戻った哀は、煙突から脱出を試みることに。だが、屋上に出た哀を1発の銃弾が襲う。

謎の男・赤井がニューヨークでFBIの人間と一緒にいたことを知り、考えを巡らせるコナン。だが一刻も早く板倉の日記を見ようと意気込むコナンは、阿笠博士の家でMOの中身を調べることに。

板倉になりすましてウォッカと交渉し、賢橋駅でソフトを渡すことになったコナン。東京に戻る途中、阿笠博士の車のタイヤがパンクして通りかかった車に乗せてもらうが、コナンはある異変に気付く。

車に乗せてくれたカップルが宝石強盗犯だと暴いたコナンは、二人の処理を阿笠博士に任せ一人で賢橋駅へと向かう。コナンが先回りし物陰から見張っていると、そこに拳銃を手にしたジンが現れる。

霊魂探偵の堀田と対談することになった小五郎は、コナンとホテルに向かう。東都テレビの古栗と合流後、堀田の部屋を訪ねるが応答はなく、小五郎たちはホテルボーイに鍵を開けてもらうが...。