名探偵コナン 特別セレクション：FBI

アニマルショーを見にきた阿笠博士と少年探偵団は、記者に囲まれ困っているジェイムズ・ブラックという男性を助ける。ジェイムズはお礼にとコナンたちを昼食に誘うが、駐車場で誘拐されてしまう。

コナンたちはジェイムズがストラップに残した手掛かりの意味を考えるが、なかなか解読することができない。そんな中、ジェイムズが歩美の探偵団バッジを持っていることが分かる。

コナン、蘭、園子は、ゲームセンターで帝丹高校の教師・ジョディと遭遇する。ジョディの勧めで格闘ゲームに挑んだ蘭は、尾藤という男に敗北。その尾藤が、別の挑戦者との対戦中に死亡してしまう。

鑑識の結果、尾藤はフグ毒を注入されて死亡したことが判明するが、まだ凶器は発見されていない。そんな中、コナンは容疑者たちが移動する時に聞こえていた音の正体に気付く。

阿笠博士と少年探偵団を乗せた路線バスに、新出とジョディが乗車してくる。哀は、なぜか黒ずくめの組織の人間の気配を感じておびえ出す。その直後、バスは2人組の男たちに乗っ取られてしまう。

コナンは乗客の中に紛れている犯人の仲間を割り出し、乗客もろともバスを爆破しようとする犯人の計画を阻止する策を思いつく。犯人たちが脱出の準備を始めた時、コナンたちは反撃を開始する。

蘭は黒いニット帽の男が気になって仕方がなく、新一が姿を消した時と同じ胸騒ぎを覚えていた。その日の帰り道、コナンたちは血文字で記号が書かれた封筒を抱えてうずくまる男を発見する。

中条が残したダイイングメッセージが何を表すのか、コナンたちも目暮警部も分からずにいた。そんな中、コナンはジョディのある言葉から、血文字の暗号を解くヒントを得る。

コナンは阿笠博士に、小五郎が関わった事件の調査書が警視庁から盗まれていたことを明かす。そこへ、平次が現れる。阿笠博士は、悩んでいる様子のコナンを心配して、平次に連絡を取っていた。

ジョディの住むマンションを訪れたコナンと平次は、隣室の住人・高井が墜落死する現場を目撃。高井はどのようにして窓から落下するように仕向けられたのか。二人は密室殺人の真相を追う。