名探偵コナン 特別セレクション：赤井 秀一

コナンたちは庵野に瑛祐の姉の写真を見せる。すると、庵野は怜奈の若い頃にしか見えないと断言。さらに庵野が持つ古いビデオを確認すると、そこには看護師にAB型だと申し出る怜奈が映っていた。

コナンは瑛祐の姉と怜奈が別人だと確信できずにいた。そんなとき、瑛祐が音信不通に。杯戸中央病院で手掛かりを見つけたと瑛祐が話していたと知ったコナンは、怜奈の入院先がバレたと考える。

看護師の話から、病院に黒の組織の仲間が潜伏していることが判明。さらにその看護師は、以前別の病院で瑛祐が手術したことを思い出し、コナンに伝える。なんと瑛祐は白血病を患っていたという。

ナースステーションに侵入した楠田を取り押さえるため、ジョディら捜査官が駆けつける。楠田は首に装着した小型プラスチック爆弾を見せて逃走を図るが、赤井がその後を追う。

病院にジェイムズ宛の荷物が届き、コナンらは組織からFBIへの宣戦布告だと推測。そんな中、病院付近でほぼ同時刻に3つの事故が起こり、病院にケガ人や病人が殺到する。

病院の患者たちに見舞い品を装った爆弾が送られてくる。3つの事故は、混乱に乗じて大量の荷物を宅配業者に届けさせるためだった。ジェイムズは捜査官を総動員して爆弾を回収することに。

怜奈が組織の手に渡るが、それは赤井とコナンが考えた作戦だった。昨夜、瑛祐を怜奈の病室に誘い出した赤井とコナン。二人は瑛祐に事情を明かし、目を覚ました怜奈とある契約を結んでいた。

コナンら少年探偵団がホテルのバイキングにやってくると、高木刑事がホテルに現れる。外国人タレントプロダクションの社長が殺されたといい、コナンは犯人がまだホテル内にいると推理する。

殺人事件の容疑者になったキャメルのもとにジョディが駆けつける。そんな中、遺体のそばのメモ用紙の端から血痕が見つかり、さらにうっすらと何かが書かれたような跡も発見される。

キールから二人きりで会おうと連絡を受け、覚悟を決めた赤井は彼女と会うことに。その頃、コナンはある"呪文"を言うことで犯人が分かる方法を目暮警部に説明する。