名探偵コナン 特別セレクション：服部 平次

蘭のもとへ"西の高校生探偵・服部平次"と名乗る少年が押しかけてきた。そこへ依頼人が訪れ、小五郎と蘭、コナン、服部の4人で依頼人の自宅へ出向く。

辻村を毒殺したトリックを暴いた服部は、辻村の父である利光を犯人だと決めつける。だが、そこへ新一が突然現れ、服部の推理の間違いを指摘する。

シャーロックホームズ・フリーク歓迎ツアーで、立て続けに悲劇が発生。コナンはツアーに参加していた服部平次と共に、犯人との知恵比べに挑む。

ツアーを恐怖に陥れた犯人は、一体誰なのか? コナンは服部平次と協力して犯人のトリックを推理してゆくが、平次はコナンの正体に疑いを持ち始める。

コナンと小五郎と蘭はクモ屋敷と呼ばれる武田家へ。当主の信一は、先日納屋で首をつった出入り業者の根岸を殺した犯人を見つけてほしいという。だがその夜、信一も首つり死体として発見される。

和葉が姿を消したと聞かされるコナンと平次。閉めたはずの倉の扉が開いていることに気付いた平次が中へ入ると、そこには体を糸で巻かれた和葉が...。やがて二人は人形の中からある物を発見する。

信一殺しのトリックを解明して真犯人を割り出したコナンと平次は関係者を集める。犯人の狙いと一連の事件の関係を説明するためには、武田家の人々につらい事実を告げなければならなかった。

奇妙な手紙を受け取った平次は、コナンたちと共に人魚伝説の伝わる美國島へ。だが手紙の差出人・沙織は行方不明になっていた。島の人々は、沙織が人魚のたたりを恐れていたと話す。

年に一度の奇祭"儒艮(じゅごん)祭り"の夜、沙織の幼なじみ・寿美が遺体で発見され、その通夜の席でまた新たな事件が起きる。沙織の行方も分からぬまま、平次とコナンは連続殺人事件の謎に挑む。

沙織の幼なじみ3人が殺害され、県警は沙織の父・弁蔵を連続殺人事件の犯人と決めつける。だが、コナンは神社に集まった島民たちに、小五郎の声で意外な真相を語り始める。