名探偵コナン 特別セレクション：京極 真

男探しを目的に、園子はコナンと蘭を連れて伊豆にやってくる。そんな園子にキザな大学生・道脇が言い寄ってきた。道脇は園子たちを食事に誘い、1年前の女性刺殺事件について話し始める。

コナンたちは道脇に誘われ"呪いのレストラン"に出かけるが、園子は車に残って眠ることに。食事を終えたコナンが外を見ると突然車が動き出し、崖下に転落する間際に蘭が園子を救出するが...。

コナンと蘭と園子はスケート場でクレー射撃仲間の千尋たち5人と出会う。夜のイベントである花火大会の前にトイレへ行った園子は千尋の遺体を発見。近くには血で書かれた文字のようなものが...。

聞こえた花火は大きな音が1発だったという園子の証言から、犯行のトリックを見破るコナン。さらに千尋の仲間たちの会話から、千尋が残した"KIX"という文字の意味と、犯人の正体に気付く。

コナン、小五郎、蘭、園子、世良が京極と合流した直後、数学教師の門奈が京極に謝罪してくる。連れの体育教師・丹波が酔って京極に絡んだのだという。その後、駐車場で丹波の遺体が発見される。

門奈は自分の妹が丹波と結婚の約束をしていたが、丹波の親の反対により自殺したことを明かす。そんな中、ごみ箱からある物が発見され、再びトイレの中を調べたコナンは犯人とトリックを見破る。

怪盗キッドから次郎吉のもとに、宝石"グリーン・エンペラー"を奪うという予告状が届く。今回、次郎吉は400戦無敗の空手の達人・京極に警備を任せることに。

博物館に怪盗キッドから大量のあぶり出しの手紙が届く。京極は展示室から全員を退去させ、中に入った者は敵と見なして制圧すると忠告。廊下に出たコナンは、手紙を調べて何かに気付くが...。

コナン、蘭、園子、京極、世良は映画を見にいった帰りに、拳銃を持ち女性を人質に取った男に遭遇。京極の活躍で事件は解決したと思われたが、その男は俳優で、ドラマの撮影をしている最中だった。

俳優・徳薗を殺害した犯人に気付いた助監督・尾取は、こっそりその人物にメッセージを送り、何かをたくらんでいた。一方、世良は新一について蘭に探りを入れる。