名探偵コナン 特別セレクション：少年探偵団

謎の暗号が書かれた紙を手に入れたコナンと同級生3人組は、さっそく解読に挑戦。忍び寄るイタリアの強盗団の目をかいくぐり、宝の在りかを探す。

公園でかくれんぼをしていた歩美は、車のトランクの中で目を覚ます。コナンは少女連続誘拐殺人事件の犯人の車だと推測し、急いで歩美の行方を追う。

図書館で不自然な包装の洋書を見つけたコナン。図書館の職員が行方不明になっていることを知り、少年探偵団の3人と一緒に閉館後の図書館を捜索する。

元太と光彦が、帝丹小は呪われていると言い出した。夜になると不思議なことが起きるのだという。コナンたちは夜の学校に忍び込み謎を解明することに。

国立競技場でサッカー観戦をするコナンたちの目の前で、ボールに銃弾が撃ち込まれる。大観衆を人質にした犯人の指示通り現金が入ったバッグが用意され、刑事たちが張り込みをするが...。

刑事たちが身代金入りのバッグを持ち去ろうとした犯人を取り押さえるも、もう一人の犯人が電話で仲間の解放を要求してくる。さらに試合終了までに10億円を用意しなければ、観客を殺すという。

阿笠博士とキャンプに来たコナンたちは、森の中で西洋風の城を発見。一同はそこに住む間宮満に招き入れられ、城に泊まることになる。コナンは怪しげな雰囲気が漂う城の内部を捜索する。

いわくがつきまとう間宮家の古城でコナンが行方不明になり、さらに阿笠博士までもが姿を消してしまう。残された哀、歩美、光彦、元太は、自分たちだけで二人を捜し出そうとするが...。

少年探偵団は阿笠博士とマツタケ狩りへ。元太が狩猟区域に迷い込んでしまい、コナンたちは二手に分かれて元太を捜すことに。光彦と組んだ哀は射殺死体を発見し、その直後に二人も狙撃され...。

旅館の従業員からの連絡で、コナンは男性の射殺体が発見されたことを知る。その後、コナンは哀と光彦が残した暗号から犯人を特定するが、一同の前に巨大な熊・十兵衛が立ちはだかる。