名探偵コナン 特別セレクション：阿笠 博士

コナンと少年探偵団の子供たちは、怪獣映画の撮影所を見学して大喜び。だが、怪獣役の俳優が刺され、さらにはプロデューサーが刺殺されてしまう。

少年探偵団の面々が訪れた映画館は、不動産屋・張田の嫌がらせにより今日で閉館になるという。コナンも昔に戻って映画を楽しもうとするが、突然スクリーンに首をつった張田の影が映し出される。

映画館で悪徳不動産屋の張田が変死し、自殺と他殺の両面で捜査が始まる。目暮警部たちは張田が多額の借金を苦に自殺したと考え始めるが、コナンは何者かがトリックを使って殺害したとにらむ。

佐藤刑事は手違いから、美術館のトイレで殺人事件の容疑者の東田と手錠でつながれてしまう。その時、東田は佐藤に無実を訴える。それを信じた佐藤は、高木刑事とコナンたちに真犯人捜しを頼む。

被害者・村西真美の部屋と、同じマンションの東田の部屋を調べるコナンたち。すると4つの疑問が浮かび上がる。一方、佐藤と東田がいる杯戸美術館は、阿笠博士に爆破されようとしていた。

宝探しを企画した阿笠博士は、コナンら少年探偵団の子供たちを連れて伯父が残した別荘へ。コナンは50年間誰も足を踏み入れていないはずの別荘に、何者かが住み着いていた形跡に気付く。

暗号を解き、屋根裏に通じる隠し階段を発見したコナンたち。一同が屋根裏部屋を探索すると、そこには白骨化した遺体が。さらにコナンたちの背後に、おもちゃを壊した犯人の影が忍び寄る。

防波堤釣りに来たコナンたち少年探偵団は、白根、金谷、江尻という3人の釣り客と出会う。昼過ぎに釣り船が迎えにきた時、江尻の竿(さお)に当たりが来るも、なぜか江尻はまったく動かず...。

江尻に付き添う阿笠博士から連絡が。江尻の左手首には引っかかれたような痕があり、服の袖口には糊(ノリ)のようなものがついていたという。コナンは歩美の言葉から、犯人の正体と手口に気付く。

森へ昆虫採集にやってきた少年探偵団。阿笠博士はお宝を用意していると言い、暗号が書かれた紙を取り出す。コナンが暗号を解こうと考え込んでいると、蘭から助けを求める電話がかかってくる。