名探偵コナン 特別セレクション：灰原 哀

コナンのクラスに灰原哀という名の少女が転校してくる。少年探偵団は依頼された事件の調査に哀を誘い、無事に事件を解決する。その帰り道、コナンは哀の口から驚くべき事実を聞く。

コナンら少年探偵団は、東都競技場で行われた東京スピリッツ対ノワール東京のサッカーの試合を観戦。その帰りの電車内で、コナンはノワール東京の熱狂的サポーター・赤野が倒れるのを目撃する。

悪名高いフーリガンの赤野が電車内で刺殺され、容疑者の吉良、大葉、船戸はそれぞれアリバイを主張。3人への事情聴取で明らかになったのは、全員が満員の車両に乗っていたということだけだった。

コナンと哀、阿笠博士は哀の両親のことを聞くために、哀の父・宮野博士の幼なじみである出島のデザイン事務所を訪れる。だが昼食中、ハンバーガーを食べていた出島が苦しみだし絶命してしまう。

哀は、出島が殺されたのは黒ずくめの組織による犯行ではないかと疑っていた。だがコナンは、犯人はデザイン事務所の誰かだということ、そして明美が隠した物はまだトイレの中にあることを明かす。

雨の中、下校する歩美は雨ガッパの男と激突。なんとその男は逃走中の通り魔だった。歩美は犯人の顔を見なかったが、彼の持ち物からついたと思われる、数字の"5"のようなマークが手に残っていた。

"5"に似たマークは車のエンブレムで、通り魔が歩美の前で落としたのは血のついた車のキーだった。警察の手配により、アリバイがなく車のマスターキーをなくした3人が米花警察署に集まるが...。

コナンら少年探偵団は阿笠博士や蘭たちと共に、行き先不明のミステリートレインに乗る。コナンは客室の前でカードを発見。そこに書かれていた指示通り7号車B室へ行くと、男が銃を発砲し...。

8号車B室で室橋の遺体が見つかり、列車を止めるよう車掌に頼む世良。だが次郎吉は名古屋まで停車しないよう命令を下す。一方、蘭たちの前に、運良くチケットを手に入れたという安室が現れる。

小五郎の読み通り、8号車A室の能登、C室の安東、D室の小蓑と住友、E室の出波は5年前の火事の生存者だった。E室で事件の真相に近付いたコナンは、小五郎を眠らせ推理ショーを始める。