大空港～GATE24～

税関職員の森万智ら、各部署から人員が集結したGATE24は、別の国で入国拒否されていた外国人夫婦を審査することに。意見が対立するなか、万智は荷物の中にあった不思議な人形に目を留める。

爆破予告を受けてある便が欠航となり、GATE24が一時入国する乗客たちの審査をすることに。だが爆破予告時刻が迫るなか、ホテルに向かったはずの乗客4人が姿を消し...。

ある乗客が動物をひそかに持ち込もうとしたことで、審査ブースが封鎖される事態に。幼い男の子を連れた女性が別のブースへの移動を拒否したため、万智たちは二人を近くの別室で審査するが...。

韓国のアイドルグループHi-Fi Un!cornが来日。GATE24チームは紛失したメンバーの所持品とそれを盗んだ犯人を見つけ出すため、時間との戦いを繰り広げる。

来日した大学生が入国した翌日に殺害される事件が発生。そんな中、万智が確認していた入国審査時の映像をきっかけに、被害者がある税関職員の手引きで何かを密輸していた疑いが浮上する。

違法カジノの摘発に一役買ったGATE24は、違法薬物が日本へ持ち込まれるとの情報を受けて警戒を強める。そんな中、万智は妻の骨つぼを抱える男性を検査したいと言い出し周囲を驚かせる。

記録的豪雨と停電による大混乱のなか、人質事件に巻き込まれるGATE24。ある乗客が結婚詐欺師ではないかという疑いが浮上するなか、万智はあることに気づく。

GATE24開設以来、海外の不穏分子の入国が急増しており、GATE24にスパイがいる可能性があるという。有間から極秘の連絡を受けた早見は、万智とともにメンバーの行動を注視することに。

来日予定の国家元首に対する暗殺計画の情報を受け、空港では厳戒態勢が敷かれる。一方、ある乗客の発言や荷物に違和感を抱いた早見と松山は、その人物を別室に案内するが...。