攻殻機動隊 THE GHOST IN THE SHELL

公安部の荒巻は某国代表の会合を強制捜査するなかで謎のサイボーグと出会う。サイボーグは草薙素子と名乗り、内務大臣に特殊部隊設立を具申。荒巻は部隊設立に向け、草薙にある捜査を要請する。

攻殻機動隊として活動を始める草薙たち。そんななか、外務大臣の通訳の電脳にウイルスが侵入。マレス大佐による秘密会談妨害の気配を感じた荒巻は、草薙らに逆探知による犯人の追跡を指示する。

フチコマによる激しい追走劇の末、容疑者の身柄を確保する草薙とトグサ。一方、マレス大佐のもとには、ウイルスを仕掛けた張本人と思われる正体不明のハッカー"人形使い"がその姿を現す。

試供品のロボットが突然人間を襲う事件が相次いで発生。草薙たちが回収した同型のロボットにはある共通点があった。真相を突き止めるべく、バトーとトグサは製造元である阪華精機に向かう。

戦闘サイボーグのコイル・クラスノフを監視するため、北端に向かう草薙たち。コイルの目的と佐川電子による汚職を暴くべく、草薙は佐川電子本社に、バトーたちは地下工場へと向かう。

襲撃を受けた草薙が病院に搬送される。犯人と推測されるのは、草薙と因縁のあるテロリスト・相馬亨。病院を後にした草薙とトグサは、たどり着いた廃工場で武装集団と激しい戦闘状態に陥る。

メガテク・ボディ社からロボットが逃亡。公安9課に確保されるが、中には人形使いが入っていた。"情報の海で発生した生命体"を自称する人形使いが亡命を要求した直後、何者かに強奪されてしまう。

人形使いへのダイブを経て目を覚ました草薙は、人形使いの気配を時折感じるようになる。ある作戦で船上のテロリストを制圧していく攻殻機動隊だったが、草薙は誤ってリーダーを射殺してしまう。

何者かの謀略によりマスコミに報じられ、テロリスト殺害の罪を問われる草薙。ゴラントル諜報(ちょうほう)部が裏で糸を引いていると考える草薙は独自の捜査を進めるが、裁判にかけられることに。

狙撃され義体を失った草薙は、脳だけの状態でバトーと逃亡。新たな義体を得るためにバトーのベッドを訪れるが、そこで閉鎖モードとなった草薙に消滅したはずの人形使いがチャンネルを始める。