アンダーニンジャ

東京都練魔区の安アパートで一日中暇を持て余している男・雲隠九郎。その正体は職にあぶれた末端の忍者だった。そんな九郎を中忍の加藤が訪ねてくる。加藤が持ち込んできた"ある仕事"とは?

男性器を切り落とされるという事件が都内で発生。犯人は犯罪組織に娘を人質に取られた外国人だった。忍者の世界に潜り込み、秘密を探ることがその外国人に与えられた使命だったが...。

講談高校を舞台に繰り広げられる、九郎ら"NIN"と"援護工作二課(エンコー)"の戦い。その少し前、九郎とともに戦うくノ一の鈴木は、男性器切りの犯人である外国人の捕獲任務に当たっていた。

鈴木と外国人の戦いに日比が乱入。そして、九郎にも同じく外国人捕獲の忍務が与えられる。一方、"第二種房中術"の使い手である蜂谷が、エンコーのギャル忍者・マコを保健室に誘い込む。

本来の忍務である講談高校への潜入にあたる九郎。転入試験に臨んだ九郎は、そこで知り合った野口をアパートに誘う。川戸の部屋で話しながら、野口から情報を引き出そうとする九郎だが...。

講談高校に生徒として潜入した九郎は、すでに主事として学校に潜伏していた"順風耳の使い手"と対決する。時を同じくして、加藤は海外での忍務に従事していた部下・鬼首を呼び寄せる。

NINに敵対するもうひとつの忍者組織、"UN(アンダーニンジャ)"がついに動き出す。UNに寝返った猿田の凶刃が鈴木を襲う。UNの動きを察知した佐々魔は、不穏な動きを見せる加藤を呼び出す。

歴史小説家・吉田のもとを夜な夜な訪れ、歴史に埋もれた過去の忍務について語る忍者たち。九郎は日比とともに、楊紀伊高校に殴り込みへ。そんな中、学年一の美少女・山田が瑛太のもとを訪れる。

狂気に囚われた猿田の刃が、講談高校に血の雨を降らせる。姿の見えないシリアルキラーによる無差別殺人に校内はパニックに。その頃、楊紀伊高校に乗り込んだ九郎と日比の前に現れた人物とは。

九郎たちの前に現れたUNの忍者の正体は山田だった。一方、凶刃を振るい続ける猿田を制圧しようと動き出す鈴木、鬼首、蜂谷。だが、猿田が着用するUNの最新スーツを前に苦戦を強いられる。