秘密～THE TOP SECRET～

科学警察研究所の法医第九研究室、通称"第九"の室長に任命された薪剛は、親友で副室長の鈴木克洋とともに任務に就く。ある日、ふたりは第九初となる死刑囚・露口浩一の脳を調べることになる。

薪が尊敬する脳科学者の貝沼が自ら命を絶った。貝沼の遺言に従って、鈴木がMRIで彼の脳を見ることになる。数日後、MRI捜査室に響き渡る発砲音を聞き、急いで駆けつける薪だったが...。

鈴木が亡くなってから3年、第九に新人捜査員の青木一行が配属される。鈴木にそっくりな青木を見て思わず絶句する薪。そんな中、9人の少年が同じ日に異なる場所で自殺するという事件が発生する。

ある私鉄沿線で立て続けに男女3人が殺害され、1週間前にも同じ私鉄内で薬剤師の里中恭子が刺殺されていたことが判明。薪が2つの事件の関連性を疑い始めるなか、新たな被害者が発見される。

ウイルスの治療法もわからぬまま、雪子の容体は悪化していく。そんな中、青木は自らも感染したことを薪に告げ、里中恭子が乗っていたのと同時刻の電車に乗り、犯人に接触を試みたいと志願する。

法医第一研究室に屍蝋(しろう)化死体が運ばれてくる。第九での捜査を進言する雪子だが、薪は拒否。青木が捜査することになる。そんな中、雪子は友人の浜田葵から結婚式の招待状を渡される。

千堂外務大臣の娘・咲が誘拐された。警察が被疑者である吉田さなえの自宅に踏み込むが、さなえはその場で死亡。第九がさなえの脳をスキャンして、咲の居場所の特定を試みることになる。

犯人である淡路の証言がなければ、咲の命が尽きるのも時間の問題だと知り、20年前の自らの行いを謝罪する千堂。そんな中、咲の身代わりとなった少女の身元が判明し、青木がヘリで救出に向かう。

第九のサーバーに何者かが侵入しようとした痕跡が見つかる。さらに、薪が乗ろうとした車が爆発。第九のメンバーたちは、何者かが薪だけが知る"秘密"の情報を狙っているのではないかと考える。

青木の姉・和歌子と夫が殺され、第九が捜査に当たることに。MRI映像に出てくる手紙を見て、それが自分宛のメッセージだということに気づいた薪は、和歌子たちが殺された本当の理由を知る。