ウォーターボーイズ2

東京から、水嶋泳吉が元女子高の姫乃高校に転入してきた。男子運動部を作りたい山本洋介は、泳吉が水泳部だったことを知り、一緒に水泳部を設立しようと勧誘するが、泳吉は話に乗ってこない。

校長の決断で活動が認められた男子シンクロ部。だが正式に創部するには、あと2週間ほどで発表会を成功させなければならない。泳吉と洋介は早速練習を開始。そこに仙一が入部希望でやってくる。

全校発表会まであと1週間。泳吉たちは練習に励んでいたが、シンクロ部設立に反対する生徒会長の手下・岩田に行動を監視されていて...。同じ頃、姫乃高校では進路面談が始まっていた。

全校発表会まであと3日。泳吉たちの気合いは十分だが、実家のスーパーで同日にイベントを開催する佐野の嫌がらせが止まらない。一方、栞たち吹奏楽部もコンクールに向けて猛練習に励んでいた。

発表会で大失態を演じ、廃部に追い込まれたシンクロ部。諦めきれない泳吉たちはなんとか練習を続けようとしていた。そんななか、泳吉は姫乃高校にシンクロ競技会の案内が届いていたのに気づく。

練習場所の確保に苦労しているシンクロ部。そんな時、吹奏楽部がプール付き施設で合宿することを知り、同行させてほしいと頼みこむ。そこで合宿所の仕事を手伝いながら練習しようと目論むが...。

早乙女先生が本採用になるかも、という話が急浮上して喜ぶシンクロ部。廃部になって学園祭に出られないことを早乙女に相談すると、他校の学園祭に出させてもらえないか、と助言される。

シンクロ部の緑丘高校学園祭出演が決定。しかも元全日本の粕谷がコーチをしてくれるという。そんな折、明が勤めるローカル線の廃線が決定。栞は音大を諦め、地元の国立大を受験すると言い出す。

水族館での公演の成功がマスコミに取り上げられたことで、シンクロ部に対する周囲の目も変わり、入部希望者も登場。ブームに目をつけた佐野の父親は、シンクロ部に夏祭り出演を依頼する。

練習だけでなく勉強も頑張っていた洋介は校内模試で上位に入り、大学進学も狙えるという話に。シンクロ部は相変わらず公演させてくれる高校を探しているが、洋介は先に帰ってしまう。