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二子玉川学園高校に赴任してきた熱血教師の川藤幸一。試合中に乱闘したせいで活動停止状態になっている野球部のことを知り、顧問を買って出る。しかし、部員の安仁屋たちは反発するばかり。

用賀第一高校から練習試合の誘いがあり、川藤は試合までにメンバーを集められなければ辞表を出すと宣言。すると、若菜たちは川藤を困らせるため、野球よりもサッカーがしたいと言い出し...。

野球部が活動を再開した途端、これまでの報復かのごとく部室が荒らされ、元野球部員が暴行される事件が発生。その後、新庄が犯人の不良グループを問い詰めに行き、ケンカに発展してしまう。

ついに練習試合のメンバーがそろい、各部員のポジションも決定。だが、キャッチャーに選ばれた若菜はうまく捕球できず、部活動に参加しなくなってしまう。一方、新庄は仲間と距離を置き続ける。

用賀第一高校との練習試合当日、感慨深そうにグラウンドに立つニコガクナイン。試合開始早々、豪速球で敵を圧倒する安仁屋だったが、次第に疲れを見せ出す。そんな時、川藤がある提案をする。

1点差を追う9回裏、代打としてバッターボックスに立つ新庄。果たして、チームの期待に応えられるのか...。数日後、川藤の行動に怒り心頭の用賀第一野球部副顧問・国松が抗議にやってくる。

因縁の相手である江夏が率いる強豪・目黒川高校との練習試合が決定。甲子園に出場経験のある池辺教頭が野球部の部長に就任し、安仁屋たちニコガクメンバーは試合に向けて練習に精を出す。

過去の自分たちと決別するため、ニコガク野球部が勝利を目指すなか、安仁屋はひそかに習得したカーブを披露。そんな時、怠惰な態度で仲間と争い合う目黒川高校チームに対し、川藤が喝を入れる。

御子柴とマネージャーの塔子が甲子園の抽選会に参加している最中、安仁屋たちは荒らされた学校のグラウンドを発見する。上坂たちの仕業だと気づいた一同は、彼らの挑発にどう立ち向かうのか?

甲子園の東京予選が幕を開け、快進撃を見せるニコガク野球部。マスコミの注目も集まり、一同はさらにやる気を燃やす。そんな中、ある記事が新聞に掲載され、川藤が高野連から呼び出される。