TOKYO MER～走る緊急救命室～

事故、災害、事件などで緊急医療が必要な現場に駆けつけ、傷病者の治療にあたる救命医療チーム"TOKYO MER"を率いる喜多見幸太。発足記念式典に出席中、バス事故が発生する。

鉄骨落下の事故現場で、自分の起こしたミスにより患者を命の危険にさらしてしまった弦巻比奈は、責任を感じてひどく自信を失う。そんな時、夏祭りで発生した爆発事故への出動命令が下る。

拳銃を所持した凶悪犯が重病の少女を人質に取り、立てこもる事件が勃発。発作の危機が迫る少女の命を守るため、看護師の蔵前夏梅が身代わりになるなか、犯人が夏梅に向けて銃を発砲し...。

トンネル内での天井崩落事故が発生し、移植手術用の心臓を運搬中だった医師が巻き込まれ、ガレキの下に埋もれてしまう。新たな崩落が危ぶまれる状況下で、喜多見は決死の突入を試みる。

音羽尚と大物政治家の天沼夕源が、故障したエレベーターの中に閉じ込められてしまう。さらに、同乗していた妊婦の容体が急変。天沼の救出か母子の救命が先か、音羽は究極の選択を迫られる。

18人もの小学生が山中で行方不明になる謎の事件が発生。喜多見はメンバーを3チームに分けて子供たちの捜索と救命にあたるよう指示し、MERはバラバラで闘うことを余儀なくされる。

外国人労働者が集団で食中毒らしき症状を訴え、MERが出動。だが、なぜか現場には多くの警察官の姿が。喜多見が救命活動にあたるなか、公安部の刑事・月島しずかが現れ...。

山間部にある病院で電源喪失事故が起こり、MERの一同が救命に向かう。だが、喜多見の"空白の1年"の秘密を知った音羽は激しく反発し、メンバーたちの信頼関係は崩壊の危機に陥る。

外国大使館の敷地内で二酸化炭素が噴出する事故が起き、MERに出動要請が下った直後、都知事の赤塚梓が持病で倒れてしまう。統率官不在のなか、救助に向かったMERに法律の壁が立ち塞がる。

喜多見の過去が公になり、活動休止を命じられたMER。そんな時、ある大学に爆弾が仕掛けられたとの通報を受け、喜多見と音羽が駆けつける。だが、事件の裏にはエリオット・椿の非情な企みが。