ごめんね青春!

原平助が教師として勤める通称・東高の生徒による盗撮疑惑が勃発。平助はぬれ衣を晴らそうと、被害を訴えた生徒が通う女子校を訪れる。そんな中、両校の合併話が進められていく。

東高と三女の実験的混合クラスがスタートし、平助と三女の教師・蜂谷りさは互いに受け持つクラスを交代することに。一方、秘密裏に交際していた海老沢ゆずると阿部あまりが大胆な行動に出る。

りさと合同文化祭の打ち合わせをしていた平助は、かつての親友で恋敵だったサトシと再会。そこで当時の意外な話を知る。その頃、学校では合併と合同文化祭開催を懸けた学力テストが近づく。

りさの父・善人がスナックに現れ、火事のあとの出来事を語り出す。養護教諭の淡島舞が生徒たちの恋愛事情を平助たちに暴露する一方、文化祭実行委員による親睦会の企画が持ち上がる。

古井が西高の学生らに暴行される事件が発生。打倒西高を目指して、三女の生徒会長・中井貴子やその仲間たちが"箱根まで駅伝"に参加したいと言い出し、平助は生徒の思いに感動する。

東高と三女の合併後の名前が決定し、新たに"聖駿高校"として男女混合チームで駅伝に臨む一同。第1走者として快調に走り出した中井に異変が起こり、さらに次走者たちも一進一退を繰り広げる。

転校の事実を隠しつつ文化祭の準備を進める中井に対し、新校歌を平助と一緒に作るように指示するりさ。そして、なかなか校歌作りを進められずにいる平助をいつもの調子で責め立てると...。

村井が三女の制服を着て登校していることが父である東高の理事長にバレてしまい、合併も合同文化祭も中止の危機に。青春祭の開催だけは許可してもらおうと、平助は理事長の説得を試みる。

りさの姉・祐子が14年ぶりに現れ、複雑な気持ちを隠せないりさ。実家にいるのが気まずくなり、平助の家に押しかけて泊めてもらうことに。一方、平助は火事について新たな事実を知る。

平助たちが熱望していた合同文化祭がついに開幕。皆がはじけるような笑顔で青春のひとときを楽しむなか、礼拝堂放火事件の過去に囚われてきた平助は、覚悟を決めて生徒の前に立つ。