先生を消す方程式。

名門私立高校の帝千学園にやって来た教師、義澤経男は、3年D組を受け持つことに。着任早々、義澤はクラスの中心である4人の生徒に目をつけられる。

副担任の頼田朝日は藤原刀矢をあおり立て、疎ましい義澤を消そうと画策。頼田はさらに暗躍し、大木薙を追い詰めて義澤を亡きものにしようとする。

薙の失敗にいら立つ刀矢は、長井弓に手を下させようと甘い声で語り掛ける。弓は2年前、母に傷つけられた心を刀矢に癒やされて以来、彼に恋をしていた。

怒りで我を忘れた刀矢は義澤を刺そうとするが、すんでのところで朝日が割って入る。刀矢は作戦を変え、入院中の義澤の恋人を誘拐しようとする。

頼田に加担して義澤を葬ったことで、大きな罪悪感にさいなまれる4人の生徒たち。邪魔者を消した頼田は、喜色満面で3年D組の新たな担任になる。

死んだはずの義澤はよみがえるが、自分を苦しめた4人の問題児たちへの恨みに満ちていた。死を乗りこえた義澤の、恐怖の復しゅう劇が幕を開ける。

頼田は義澤の復活を否定したものの、彼が校内に潜んでいる痕跡を発見。そこで、頼田は架空の話をでっちあげ、機動隊に校内を調べさせるよう仕向ける。

記憶を取り戻した義澤の前に、車いすに乗せた静を連れて頼田が現れた。静を人質に取られて怒りに震える義澤に対し、頼田は得意げに自分語りを始める。