地縛少年花子くん

大切なものと引き替えに願いをかなえてくれるという、かもめ学園に伝わる"トイレの花子さん"のウワサ。旧校舎で花子さんを呼び出した高等部1年生の八尋寧々の前に、男の子の幽霊が現れる。

花子さんの助手となった寧々は毎日のようにトイレ掃除を強要され、次第に花子さんへの不信感を募らせるようになる。そんな中、学園内では物がなくなる事件が多発していた。

寧々の親友・赤根葵が姿を消した。誰に聞いても葵の存在さえ知らず、困惑する寧々。そんな寧々から相談を受けた花子くんは、異界に通じるという"ミサキ階段"について話す。

"ミサキ階段"の怪異に命じられるがまま、ミサキの体を探していた寧々たち。ひとつひとつパーツを集め、出来上がった体を持って最上階までやってきた寧々たちを待ち受けていたのは...!?

ご褒美をもらった日から、寧々は花子くんのことを意識してしまうようになる。そんな中、寧々は花子くんから成功率100%とウワサされる"告白の木"の下に呼び出される。

花子くんの秘密を知ろうと、五番目の七不思議、"16時の書庫"に入り込んだ寧々と光。花子くんの本を探すうちに、寧々は自分のことが書かれた本を見つける。

"16時の書庫"で花子くんの過去をかいま見て以来、なんとなく気まずい寧々。そんな寧々の力になろうと、光は花子くんの好物であるドーナツを一緒に作ろうと寧々を誘う。

中等部の昇降口に出没するという幽霊の少年・ミツバの未練を晴らそうと決意した光。生前にやり残したという写真撮影を手伝うことになるのだが...。

イケメンの先輩・日向夏彦から呼び出され顔を赤らめる寧々だが、夏彦は寧々の秘密を知っていた。魚にされて気を失った寧々が目を覚ますと、そこは見知らぬ洋館で...。

園芸部の活動記録を整理していた葵が、寧々の写真に写り込んだ怪異たちに気づく。花子くんと寧々、光は怪異を追い払うため、彼らの要求に全力でつきあうことになるが...。