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7年前に現れたミロという女性に救われた大介と仲間達。その時に予言された来る危機に備え、日々トレーニングをしてきた大介。そしてその日が訪れる。

大介のことを知らない様子のミロ。それでも戦うよう促された大介は学校を襲った化け物と戦闘を交える。渋谷区は事態の収拾に努めようとするが...。

大介達に、許される範囲内で過去の情報を伝え、準備をさせるミロ。2388年は未知の病原体の大流行、パンデミックに飲み込まれた後の世界だった。

パペットと引き換えに人々を2017年に帰還させるよう、牟田がリヴィジョンズと交渉する。しかし、事の成り行きに納得できない大介は敵と対面する。

牟田を捕らえ主導権を持った警察に支えられながら、SDSは訓練を続ける。大介は自分がリーダーだと張り切るが、黒岩はその役割にガイを考えていた。

パーティーの残骸の中でマリマリは、リヴィジョンズの正体についてミロを問い詰める。一方、捕らえられていた大介の叔父が、隙を見て逃げ出していた。

牢(ろう)に閉じ込められた大介。リヴィジョンズやアーヴの持っている情報を得ようとする黒岩達。ミロは皆を必ず元の世界へ戻したいと言うが...。

大介達は、とらわれた人々を救うため、起死回生の特攻作戦を決行する。目標は人工量子脳の破壊だったが、迎え出たリヴィジョンズには残酷な企みが。

予想外の慶作の反撃を受け、残りのリヴィジョンズは戦略を練り直す。混乱状態のSDSを尻目に、牟田の支援者たちが交渉へ向けて動き出す。

自身が2010年へ時間跳躍する時が迫っていることを伝えるミロ。渋谷駅を中心に始まる、ムキューの渋谷民無差別捕獲に対抗する作戦を提供する。