ゴジラ S.P＜シンギュラポイント＞

便利屋のユンとハベルは空き家のはずの洋館で奇妙な曲を聞き、その発信源を特定。同じ頃、大学院生のメイもまた、別の場所で同じ曲を耳にしていた。

ユンとおやっさんはジェットジャガーを操縦し、市街地に突如現れた翼竜型の怪獣"ラドン"に応戦。メイは、国際的な研究者に招かれて東京へ向かう。

逃尾の町に襲来するラドンの大群。オオタキファクトリーの面々はラドンを町から引き離そうとするが、ラドンに襲われて身動きが取れなくなってしまう。

ユンとハベルは、ラドンの出現にはミサキオクが関係しているのではと推測。メイはドバイに到着し、李が新素材について解説する講演会に参加する。

ウパラの研究施設の地下深くから、怪獣"サルンガ"が、紅塵(こうじん)とともに出現。同じ頃、ユンは怪獣"アンギラス"の驚異を目の当たりにする。

葦原(あしはら)が残した研究資料に、謎の暗号を発見するメイ。町の怪獣退治作戦に参加したユンたちは、ジェットジャガーでアンギラスに立ち向かう。

マンダの群れを追うように移動していた巨大怪獣が、ついに東京に上陸。ロンドンに向かっていたメイと李は、紅塵の影響でミラノで足止めされてしまう。

東京に上陸したゴジラに対し、松原が率いる陸上自衛隊部隊が攻撃を開始。ロンドンに到着したメイは、葦原が残した膨大な研究資料の解読に取り掛かる。

ゴジラの侵攻を受け、紅塵の渦に飲み込まれてゆく東京都心。蜘蛛(クモ)のような怪獣に襲われたユンたちは、怪獣に捕まった人を助け出そうとする。

ユンとハベルは、葦原の洋館に残された資料をジェットジャガーで解析しようとする。インドでは、メイはリーナという少女に連れられて、BBと合流する。