虫籠のカガステル

商人の護衛をしていた駆除屋のキドウは、カガステルに襲われている車を発見。車にいた男は、娘を母のもとへ届けるようキドウに頼んで事切れてしまう。

人間が食い散らかされた現場を検分したキドウは、事件は虫の仕業ではないと断定。お使いを頼まれたイリは、市場へ向かう途中で財布を盗まれてしまう。

赤ネズミ団の団長、リジーと友情を育むイリ。キドウは、部屋に手紙が届いていることに気づく。そこには、連続殺人事件の場所と詳細が記されていた。

軍は、E-05の地下に潜むカガステルの駆除作戦を準備。5年前の作戦を悔やみ続けるカシムは、このカガステルをおびき出すためのおとり役を買って出る。

マリオがイリに語るキドウの過去。カガステルがはびこる極東の地で、キドウは駆除屋を組織したラザロに拾われ、戦って生きる術を教え込まれていた。

イリの父親を名乗る男が現れ、イリを連れ去ろうとする。キドウはイリを連れて逃げるが、E-05から脱出しようとしたところをアハトに襲撃されてしまう。

イリを追う手がかりを探すジンとキドウは、グリフィスがフランツに残したメッセージを発見。そこでは、イリの驚くべき真実と出生の秘密が語られていた。

アドハムの部隊は商区長を降伏させ、E-05を虫籠(むしかご)に変えようと画策。キドウはE-05を脱出し、イリが拘束されているE-07へと向かう決意をする。

E-07に単身乗り込んだキドウは、イリを捜してメインタワーに侵入。自分が生まれた理由を思い出したイリは、虫籠の次の女王になることを宣言する。

再会を果たしたイリとキドウは、玉座を目指して歩みを進める。だが、アドハムの部隊と、おびただしい数のカガステルが2人の行く手に立ちはだかる。