重神機パンドーラ

生物、機械、植物の枠を超えて融合し、独自の進化を果たした生物"B.R.A.I"。人類は、この脅威の前に滅亡の危機に陥り、必死に戦いを繰り広げていた。

研究が実を結び、レオンはマシンの力を引き出して大型B.R.A.Iを圧倒。その強大な力を目の当たりにしたケインは、レオン達にある提案を持ちかける。

ハイパードライブに懸念を抱くジェイ。しかしB.R.A.Iに対する戦力になることへの期待から、レオンに研究開発の続行と導入テストを命じる。

新たなB.R.A.Iがネオ翔龍へ向けて進攻し、防衛網を突破。リアクターの暴走事故への責任を背負い続けるレオンは、敵を迎撃するべく出動を直訴する。

ネオ翔龍の大型輸送機が未知なる敵に破壊され、レオンは輸送機よりも大きな鳥型B.R.A.Iの仕業だと推測。現実的な考えではないように思えたのだが…。

同門だったワンとの戦いの末、激しく負傷したクイニー。ワンが操っている鳥型B.R.A.Iを仕留めるため、クイニーは傷ついた体で戦場へと飛び立つ。

レオンは珍しくオシャレをして街へ出かけ、怪しむクロエは彼について行くことに。クロエはレオンに女性の影を感じるが、彼はあるものを追っていた。

ネオ翔龍で、人々が何者かに狙撃されて殺される事件が発生。レオンとパンドーラの仲間達は、さらなる犠牲者が出る前に犯人を見つけるべく動き出す。

仲間を狙撃した犯人の行方を追い、必死に捜索を行うレオン達。その最中、ケインは、自分の命をあえて奪わなかった凄腕スナイパーのことを思い出す。

姫を葬って街を奪おうと野心を燃やすMr.ゴールド。グレンは街を守りたい一心で、自分の機体にもハイパードライブを搭載するようレオンに頼み込む。