攻殻機動隊ARISE

ある軍人の殺害事件の捜査に乗り出した公安の荒巻から、協力を要請された草薙素子。同様に事件を追う面々とともに事件の真相へと近づいていく。

501機関から独立を果たした草薙は、疑似記憶ウィルスが絡むハッキング事件に巻き込まれる。事件解決に向け新部隊のメンバーのスカウトにあたるが…。

恋人と甘い時間を過ごす草薙に、爆弾テロ発生の知らせが入る。仲間とともに捜査に当たる草薙だが、容疑者として挙がったのは思わぬ人物だった。

前代未聞の同時ゴーストハックが発生。草薙たちは、引き金となった電脳ウィルス"ファイア・スターター"とその作者であるプログラマーの正体を追う。