A.I.C.O. Incarnation

原因不明の事故、バーストから2年。家族を亡くしたアイコは再び歩けるように。ところがある日やってきた転校生により、平穏な日常が崩されてしまう。

父の元同僚、黒瀬の元に連れてこられたアイコは、そこで信じられない事実を知らされる。なんと彼女の脳は、人工生体で作られた体に移植されていた!

対策庁に拘束されたアイコと雄哉をダイバーたちが助け出す。そしてマターによる大活性活動が観測されたプライマリー・ポイントへ向かうことに。

政府による封鎖指示がくだる直前にエリア内に入ったアイコたち。目指すはK1のギロチン・シャッターの稼働だが、マターの活性レベルが上がっていた。

補給を兼ね、柳河原キャンプで束の間の休息をとる一同。一方、黒瀬は黒部に出向いてきた南原に接触。彼女や伊佐津にはそれぞれの思惑が...。

K2の門番が活性化する日の出までに先を急ぎたい一同。ところが楓のせいで作戦に遅れが...。一方、伊佐津は黒瀬に対し、ある処置を取っていた。

アイコを奪還しようと一同を追ってきたCAACは強硬手段に出る。黒瀬は伊佐津の娘、柚葉の脳の活動がマターの活性とリンクしていることに気づく。

動揺したダイバーたちは、アイコと雄哉を問い詰めるが、ミッション続行の道を選ぶ。一方、新所長に就任した伊佐津は複製体第1号の記録を見つける。

ついに一同は、生命工学研究所があるプライマリー・ポイントにたどり着く。ところがそこで突然、交信してきた伊佐津により、雄哉の考えが明らかに。

マリグナント・マターの中に取り込まれ、もう1人の自分と話をするアイコ。一方、雄哉の前に現れた人型マターは、柚葉の思いを雄哉にぶつけ...。