クロムクロ

白羽由希奈は立山国際高校の2年生。友人と黒部研究所を訪れると、所内で突然火の玉が飛来。避難の途中、由紀奈は怪しく光るキューブに目が留まった。

キューブから現れたのは青馬剣之介時貞。侵略者から由希奈を救うが、気絶させられてしまう。一方、富山湾からは新たな大型ジオフレームが出現した。

剣之介は現代の光景を前にして、自分の置かれた状況が理解できず戸惑うばかり。一方、小型ジオフレーム、カクタスの一部は山岳地帯へ逃げ込んでいた。

由希奈達の家に身を寄せることになった剣之介。体験するもの全てが珍しく、驚きの連続。そんな中、剣之介と由希奈は、一緒に買い物へ行くのだが...。

学校に行けるようになり、ようやく平穏な日々が戻って来たかに思えた由希奈。だが、転校生の姿を見て仰天。それは、由希奈が知っている人物だった。

大型ジオフレームが3体出現し、剣之介と由希奈は戦闘を開始。多くの人々が避難を急ぐ中、人波に逆らうよう進む由希奈のクラスメイトの姿があった。

敵の人型パイロットは、自ら命を絶った。ショックを受けた由希奈は、戦うことを拒否。そんな中、戦いを見に行った赤城と茅原が戻らず、不安が高まる。

侵略者からの要求を巡って揺れる中、戦いたくない由希奈は家を出てしまう。剣之介は由希奈を探そうとするが、彼女のことを何も知らないと思い知る。

由希奈不在という間が悪い時に、大型ジオフレームが襲来。GAUSだけでは戦力差は大きい。剣之介、そして赤城と茅原は由希奈の行方を追うのだが…。

降伏の意思表示をしたパイロットは尋問にも大人しく応じ、あるものを探索していると告げる。だが、剣之介は、その顔に見覚えがあるように感じていた。